公司内部将部分领导定义为干部身份，而其他员工为工人身份，这一做法本身并不直接违反法律规定，但其合法性需结合具体情境和实施方式来判断。以下从不同角度进行分析：
身份定义与劳动合同内容：
- 公司在劳动合同中与员工约定不同的身份（如干部、工人）并不违法，只要这种约定不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿达成。身份定义可能涉及工作内容、职责、薪酬、晋升等方面的差异，这些差异在劳动合同中明确并经双方同意，是合法的。
身份定义与劳动法原则：
- 劳动法强调平等就业和反对歧视。如果公司仅因身份定义（干部或工人）而对员工进行不公平对待，如薪酬歧视、晋升机会不均等，则可能违反劳动法的平等原则。例如，若干部身份的员工享有更高的薪酬和更多的晋升机会，而这一差异并非基于工作能力、业绩或岗位需求，而是单纯基于身份定义，则可能构成不公平对待。
身份定义与内部管理自主权：
- 公司作为用人单位，享有一定的内部管理自主权。公司可以根据自身需要，制定内部管理制度，包括员工身份的定义和分类。然而，这种自主权并非无限制，必须遵守法律法规，不得侵犯员工的合法权益。如果身份定义成为公司进行不公平管理或歧视的工具，则可能受到法律的限制和制裁。
身份定义与集体合同或规章制度：
- 如果公司存在集体合同或内部规章制度，且这些合同或制度中明确规定了员工身份的定义和分类，以及相应的权利和义务，那么公司应遵守这些规定。如果身份定义与集体合同或规章制度相冲突，或者这些合同、制度本身违反法律法规，则身份定义的合法性将受到质疑。
建议：
- 公司应确保身份定义基于合理的工作需求和岗位差异，避免基于身份进行不公平对待。
- 身份定义应在劳动合同、集体合同或内部规章制度中明确，并经员工同意或知晓。
- 公司应定期审查内部管理制度，确保其符合法律法规的要求，避免侵犯员工的合法权益。
若您对公司身份定义的具体实施方式或相关法律问题有进一步疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细的法律分析和建议。