结论：大三实习生在公司上班一个月只上了两天班，是否要被扣商保，需根据实习生与公司签订的实习协议或相关约定来确定。若无明确约定，则公司一般无权单方面扣除商保费用。

分析说明：

1. 实习协议或约定的作用：

   • 实习协议或相关约定是实习生与公司之间明确双方权利和义务的重要文件。如果协议中明确规定了商保的缴纳方式、扣除条件等，那么双方应严格按照协议执行。
   • 若协议中明确指出，无论实习生实际出勤天数多少，商保费用均需全额缴纳或按一定比例缴纳，那么实习生即使只上了两天班，也可能需要承担相应的商保费用。
   • 反之，如果协议中没有明确规定，或者规定实习生只需按实际出勤天数承担商保费用，那么公司则无权单方面扣除商保费用。

2. 无约定时的处理原则：

   • 在没有实习协议或相关约定的情况下，公司一般无权单方面扣除商保费用。因为商保的缴纳通常不是实习生的法定义务，而是基于双方自愿或协议约定的。
   • 如果公司未经实习生同意，擅自扣除商保费用，实习生有权向公司提出异议，并要求公司退还扣除的费用。

3. 实际操作建议：

   • 实习生在入职前，应仔细阅读实习协议或相关约定，了解商保的缴纳方式、扣除条件等，确保自己的权益不受侵害。
   • 如果公司提出扣除商保费用的要求，实习生应要求公司出示相关依据，如实习协议中的明确规定或公司内部的规章制度等。
   • 若实习生认为公司的扣除行为不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

特殊场景提醒：

• 如果实习生与公司之间存在其他特殊约定或情况，如实习生因个人原因提前离职、公司因经营困难需要调整商保政策等，这些情况可能会影响商保费用的扣除。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，确保处理结果的公平性和合理性。

后续行动建议：

• 如果你作为实习生遇到了此类问题，建议先与公司进行沟通协商，尝试通过友好方式解决争议。
• 如果沟通无果，你可以向我咨询具体的法律意见和维权策略，我会根据你的具体情况提供专业的法律帮助。