核心结论：若公司不愿赔偿停职期间的底薪，你可以通过与公司协商、申请劳动仲裁、提起诉讼等途径来维护自身合法权益。以下为具体情况分析：
- 与公司协商
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，劳动者在停职期间，若非因本人原因且未违反公司规章制度等导致停职，公司应当支付相应的底薪。你可以以此为依据，与公司进行友好协商，明确指出公司的义务，要求公司按照规定支付停职期间的底薪。
- 操作方式：你可以整理好能证明自己停职非自身原因的相关证据，如公司的停职通知、工作记录等，然后与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达自己的诉求，争取通过协商解决问题。这种方式相对较为温和，成本较低，如果公司愿意配合，能够快速解决纠纷。
- 申请劳动仲裁
- 适用情况：如果与公司协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种较为正式的解决劳动纠纷的方式，仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，依据相关法律法规作出裁决。
- 操作流程：你需要准备好相关的证据材料，如劳动合同、工资条、停职通知、与公司协商的记录等，填写劳动仲裁申请书，明确申请事项（如要求公司支付停职期间的底薪及可能的赔偿等）和事实理由，然后提交给劳动争议仲裁委员会。仲裁委员会受理后会安排开庭审理，并作出裁决。一般来说，劳动仲裁的裁决具有法律效力，如果公司不履行，你可以向法院申请强制执行。
- 提起诉讼
- 适用情况：如果对劳动仲裁的裁决结果不满意，或者公司不履行仲裁裁决，你可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。诉讼是解决劳动纠纷的最后一道防线，通过法院的审判来维护自己的合法权益。
- 操作流程：你需要撰写民事起诉状，准备好相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院受理后会进行审理，经过开庭、质证、辩论等环节，最终作出判决。如果判决结果对你有利，但公司仍然不履行，你可以申请法院强制执行。不过，诉讼程序相对较为复杂，耗时较长，成本也相对较高，因此在选择诉讼之前，需要充分考虑自身的情况和需求。
在处理此类问题时，建议你保留好所有与公司沟通的记录和相关证据，以便在需要时能够充分证明自己的主张。如果你在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。