结论：公司员工正常上班发现问题并上报，若存在误会，是否会被处罚需视具体情况而定，但一般情况下，若员工无过错，不应受到处罚。
详细分析：
员工上报问题的性质：
- 员工在正常上班过程中发现问题并上报，这是其履行工作职责的一部分，体现了员工的责任心和职业操守。
- 上报问题本身并不构成过错，除非员工在上报过程中存在故意隐瞒、歪曲事实或恶意诽谤等行为。
误会产生的可能性及处理：
- 误会可能源于信息传递的不准确、理解上的偏差或沟通不畅等原因。
- 若误会确实产生，公司应首先进行调查核实，了解事情的真实情况。
- 在调查过程中，公司应保持公正、客观的态度，避免偏听偏信或主观臆断。
处罚的合法性与合理性：
- 根据劳动法的相关规定，公司对员工进行处罚必须基于合法、合理且明确的规定，且处罚应与员工的过错程度相适应。
- 若员工在上报问题过程中并无过错，或过错程度轻微，公司对其进行处罚则可能缺乏法律依据和合理性。
- 处罚措施可能包括警告、罚款、降职、解雇等，但这些措施必须严格遵循公司规章制度和劳动法规定。
员工权益保护：
- 员工在面对可能的误会和处罚时，有权要求公司进行公正、透明的调查，并有权提供自己的解释和证据。
- 若员工认为公司的处罚决定不公正或违法，可以通过内部申诉、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于员工：在发现问题并上报时，应尽可能提供准确、详细的信息，以减少误会产生的可能性。若面临处罚，应积极与公司沟通，提供解释和证据，维护自己的合法权益。
- 对于公司：应建立健全的沟通机制和调查程序，确保在处理员工上报问题时能够公正、客观地了解事情真相。在做出处罚决定前，应充分听取员工的解释和意见，确保处罚的合法性和合理性。
可能后果：
- 若公司未经充分调查即对员工进行处罚，可能引发员工的不满和抵触情绪，影响工作氛围和团队凝聚力。
- 若员工认为处罚决定违法或不合理，可能通过法律途径维权，给公司带来不必要的法律风险和声誉损失。
因此，公司在处理员工上报问题并可能产生的误会时，应谨慎行事，确保处理过程的公正性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。