结论：仅凭房产证有协议证明是其中一个儿子所建，不能直接继承改名，需根据具体情况判断能否继承以及如何办理改名手续。以下分情况说明：
- 协议性质及内容明确且合法有效
- 如果该协议是父母与两个儿子之间就房产归属达成的合法有效协议，明确约定房产由建房的儿子继承，且该协议不存在欺诈、胁迫等导致无效或可撤销的情形，同时符合当地关于房产继承和登记的相关规定。在这种情况下，建房的儿子可以依据协议主张继承房产。但通常不能直接改名，一般需要先办理继承公证，持公证书、房产证等相关材料到不动产登记机构办理过户登记手续，将房产过户到自己名下，完成改名。
- 例如，父母在生前与两个儿子签订书面协议，明确说明因其中一个儿子出资出力建造了房屋，所以该房屋在其去世后由建房的儿子继承，其他子女不得争抢。这种清晰明确且合法的协议，在父母去世后，建房儿子可按流程办理继承和改名。
- 协议存在瑕疵或不明确
- 若协议存在瑕疵，比如协议内容模糊不清，没有明确表明是继承关系，或者协议签订过程中存在一方被欺诈、胁迫等情况，导致协议的效力存在争议。此时，不能直接依据该协议认定房产由建房儿子继承并改名。可能需要通过诉讼等方式，由法院对协议的效力以及房产的归属进行认定。法院会根据具体情况，综合考虑各方的证据和陈述，作出公正的判决。如果法院判决房产归建房儿子所有，建房儿子可依据判决书办理房产过户和改名手续。
- 比如，协议只是简单提及房屋由建房儿子建造，但没有明确是继承还是赠与等其他法律关系，在父母去世后，其他儿子可能对房产的归属提出异议，引发纠纷。这种情况下就需要通过法律途径解决。
- 未考虑其他法定继承人的权益（若无有效协议排除）
- 根据法律规定，法定继承中，第一顺序继承人为配偶、子女、父母。如果父母去世时没有留下合法有效的遗嘱或协议明确排除其他子女的继承权，那么即使房产是由其中一个儿子所建，其他子女作为法定继承人也有权继承相应的份额。在这种情况下，不能仅凭建房的事实就直接将房产全部改名到建房儿子名下。需要先确定各法定继承人的继承份额，然后通过协商或诉讼等方式确定房产的归属和分配方式，最后再办理相关的过户和改名手续。
- 例如，父母去世时未留下遗嘱，有两个儿子，虽然房屋是一个儿子建造的，但另一个儿子作为法定继承人也有权继承一部分份额。此时需要先协商确定各自份额，若协商不成则通过诉讼解决，之后按最终确定的份额办理房产过户。