结论：公司未申请工伤认定时，团体意外伤害险一般不能直接抵扣工伤赔偿，但具体能否抵扣需视保险条款及实际情况而定，且即便抵扣也需遵循一定原则。以下从多个角度详细分析：

一、团体意外伤害险与工伤保险的性质差异

1. 团体意外伤害险：属于商业保险范畴，是公司为员工额外购买的福利性保险。其赔偿范围、标准等均由保险合同约定，与工伤保险无直接关联。
2. 工伤保险：属于社会保险范畴，具有强制性。其赔偿范围、标准等由法律法规明确规定，旨在保障员工在工伤情况下的基本生活需求和医疗救治。

二、团体意外伤害险能否抵扣工伤赔偿

1. 一般情况：由于团体意外伤害险与工伤保险性质不同，且工伤保险具有法定性，因此团体意外伤害险的赔偿通常不能直接抵扣工伤保险的赔偿。员工在享受工伤保险待遇的同时，仍可依据保险合同向保险公司主张团体意外伤害险的赔偿。
2. 特殊情况：若保险合同中明确约定，团体意外伤害险的赔偿可以抵扣工伤保险的赔偿，或者公司、员工与保险公司三方达成一致意见，同意抵扣，则可能存在抵扣的情况。但这种情况较为少见，且需严格遵循保险合同和法律法规的规定。

三、抵扣需遵循的原则

1. 不重复赔偿原则：即员工不能因同一工伤事故获得双重赔偿。若团体意外伤害险的赔偿与工伤保险的赔偿存在重复部分，则重复部分应予以扣除。但需注意，这里的“重复部分”应指的是同一性质的赔偿项目，如医疗费、伤残补助金等。
2. 补充赔偿原则：若团体意外伤害险的赔偿范围超出工伤保险的赔偿范围，或者赔偿标准高于工伤保险的赔偿标准，则超出部分或高出部分应视为对工伤保险的补充赔偿，不应予以扣除。

四、实际操作建议

1. 及时申请工伤认定：员工在发生工伤事故后，应及时向公司提出工伤认定申请，并按照规定提交相关材料。若公司未在规定时间内提出工伤认定申请，员工或其近亲属、工会组织也可直接向社会保险行政部门提出申请。
2. 了解保险条款：员工应仔细阅读团体意外伤害险的保险合同，了解保险赔偿的范围、标准等条款内容。以便在发生工伤事故后，能够准确主张自己的权益。
3. 咨询专业律师：若员工对工伤赔偿或团体意外伤害险的赔偿存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况，为员工提供专业的法律意见和帮助。

最后，若您在工伤赔偿或团体意外伤害险方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。