结论：投标时擅自增加了一项清单，结算时是否需要扣除，这主要取决于招标文件、投标文件以及双方后续签订的合同中的相关约定。以下从不同角度进行分析：
一、依据招标文件和投标文件
招标文件的规定：
- 如果招标文件中明确规定了投标清单的内容、格式和要求，且明确禁止擅自增加或修改清单项目，那么投标人擅自增加清单的行为可能构成违约。在此情况下，结算时，招标人有权依据招标文件的规定，拒绝支付擅自增加清单部分的费用，甚至可能要求投标人承担违约责任。
投标文件的响应：
- 投标文件应是对招标文件的全面响应。如果投标人在投标文件中擅自增加了清单项目，而招标文件并未对此作出明确规定或允许，那么这种增加可能被视为投标文件的不符合招标要求，导致投标被视为无效或被要求澄清、修改。若未经澄清、修改而中标，结算时招标人仍有权依据招标文件和投标文件的约定，扣除擅自增加清单部分的费用。
二、依据双方签订的合同
合同条款的约定：
- 如果双方在签订合同时，对投标清单的内容、结算方式等进行了明确约定，且合同中未允许擅自增加清单项目，那么结算时，招标人有权依据合同约定，扣除擅自增加清单部分的费用。
合同变更的程序：
- 若在合同履行过程中，因特殊情况需要增加清单项目，双方应按照合同约定的变更程序进行协商和确认。未经协商一致或未按照约定程序变更的，擅自增加清单部分可能不被认可，结算时可能被扣除。
三、法律原则和规定
诚实信用原则：
- 在招投标和合同履行过程中，双方应遵循诚实信用原则。投标人擅自增加清单项目，可能损害招标人的利益，违反诚实信用原则。在此情况下，结算时招标人有权要求扣除擅自增加清单部分的费用。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的规定，投标人应按照招标文件的要求编制投标文件，并对投标文件的真实性、准确性和完整性负责。擅自增加清单项目可能违反法律法规的规定，导致投标无效或承担法律责任。
建议：
- 对于投标人而言，在投标前应仔细阅读招标文件，确保投标文件完全符合招标要求，避免擅自增加清单项目。
- 对于招标人而言，在招标文件中应明确规定投标清单的内容、格式和要求，以及擅自增加清单项目的处理方式。在结算时，应依据招标文件、投标文件和合同约定，合理、公正地处理擅自增加清单部分的问题。
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