施工单位清单漏项变更后，结算是否扣钱需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果施工合同中明确规定了清单漏项的处理方式，比如约定了漏项部分的价款调整方法或责任承担方式，那么应按照合同约定执行。若合同约定漏项部分由施工单位承担费用，则在结算时可能会扣除相应款项；若合同约定由建设单位承担或双方分担，则结算时可能不会扣除或仅扣除部分款项。

2. 漏项原因角度：

   • 施工单位责任：如果漏项是由于施工单位在编制清单时的疏忽或错误导致的，且合同中未明确约定此类情况的处理方式，那么根据公平原则和行业惯例，施工单位可能需要承担一定的责任，结算时可能会扣除相应费用或进行价款调整。
   • 建设单位责任：如果漏项是由于建设单位提供的图纸、资料不完整或存在错误导致的，且施工单位在编制清单时已尽到合理审查义务，那么建设单位应承担相应责任，结算时不应扣除施工单位费用，反而可能需要补偿施工单位因此产生的额外费用。
   • 双方共同责任：在某些情况下，漏项可能由双方共同原因导致，如沟通不畅、信息传递错误等。此时，双方应根据各自过错程度分担责任，结算时可能进行部分扣除或调整。

3. 变更程序角度：

   • 如果漏项变更已经按照合同约定的变更程序进行了申报、审批和确认，且变更内容明确、合理，那么结算时应按照变更后的内容进行计算，不应随意扣除费用。
   • 如果变更程序未按照合同约定执行，或变更内容存在争议，那么结算时可能会因变更程序问题而产生纠纷，此时需要双方协商解决或通过法律途径解决争议。

法律建议：

• 在处理此类问题时，建议施工单位首先查阅施工合同中的相关条款，了解清单漏项的处理方式和责任承担约定。
• 如果合同中未明确约定或约定不明确，建议施工单位与建设单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 如果协商无果，施工单位可以寻求法律援助或通过法律途径解决争议，以维护自身合法权益。

可能后果：

• 如果施工单位因清单漏项变更问题与建设单位产生纠纷且未能妥善解决，可能会影响工程进度、质量和双方合作关系。
• 在极端情况下，如果施工单位因漏项问题承担了不应承担的责任或遭受了不应有的损失，可以通过法律途径追究相关责任方的法律责任并要求赔偿。

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