结论：投标时约定的赶工措施费在结算时是否会被扣除，需视具体情况而定，包括合同约定、实际履行情况以及是否存在违约行为等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
明确约定赶工措施费：
- 如果招标文件或施工合同中明确约定了赶工措施费，并且详细列明了费用的计算方式、支付条件等，那么在结算时，除非存在合同约定的扣除情形（如工程质量不达标、工期延误等），否则发包方通常无权扣除该费用。
未明确约定赶工措施费：
- 如果合同中未明确约定赶工措施费，但投标文件中包含了赶工方案及相应费用，且发包方在评标过程中接受了该方案及费用，那么在实际履行过程中，如果承包方按照赶工方案完成了施工任务，发包方在结算时通常应支付该费用。然而，如果合同或投标文件中未对赶工措施费作出明确约定，且双方在结算过程中无法达成一致，则可能引发争议。
二、实际履行角度
承包方按约定赶工：
- 如果承包方按照合同或投标文件中的赶工方案完成了施工任务，且工程质量符合合同要求，那么发包方在结算时应按照约定支付赶工措施费。
承包方未按约定赶工：
- 如果承包方未按照合同或投标文件中的赶工方案进行施工，或者因承包方原因导致工期延误，那么发包方在结算时有权根据合同约定扣除相应的赶工措施费或要求承包方承担违约责任。
三、法律后果角度
发包方擅自扣除赶工措施费：
- 如果发包方在结算时擅自扣除赶工措施费，且该扣除行为缺乏合同依据或法律依据，那么承包方有权要求发包方支付该费用，并可能要求发包方承担违约责任或赔偿损失。
承包方主张赶工措施费：
- 如果承包方认为发包方在结算时未按照约定支付赶工措施费，且双方无法达成一致，那么承包方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式主张自己的权益。
四、建议与注意事项
完善合同条款：
- 在签订施工合同时，双方应明确约定赶工措施费的计算方式、支付条件、扣除情形等条款，以避免结算时产生争议。
保留相关证据：
- 承包方在施工过程中应保留好与赶工措施费相关的证据，如赶工方案、施工记录、验收报告等，以便在结算时证明自己的权益。
及时沟通协商：
- 在结算过程中，双方应保持沟通协商，及时解决争议。如果无法达成一致，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
总结：投标时约定的赶工措施费在结算时是否会被扣除，需根据合同约定、实际履行情况以及是否存在违约行为等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。