核心结论：甲方付款后借回款发票已经开了，这种情况下需要分情况处理，关键在于明确发票开具的合规性以及双方对于“借回款”的约定性质，以下是具体分析。

1. 若“借回款”实为正常业务往来款项且发票开具合规

   • 如果甲方和乙方之间存在真实的业务交易，甲方付款后乙方按照实际交易情况开具了回款发票，这是完全合法合规的行为。例如，甲乙双方签订了货物买卖合同，甲方支付货款，乙方按照合同约定交付货物并开具相应金额的发票，这种情况下双方只需按照合同约定继续履行各自义务即可，包括但不限于甲方确认货物质量、乙方提供售后服务等。后续如果双方没有其他争议，业务就正常推进；若出现质量问题等争议，则依据合同中的质量条款、违约责任条款等来解决。

2. 若“借回款”并非真实业务往来，存在虚开发票嫌疑

   • 法律风险：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。如果所谓的“借回款”没有真实的业务基础，只是为了某种不正当目的（如套取资金、逃避税收等）而开具发票，那么这种行为就构成了虚开发票，是违法行为。
   • 处理方式：
     • 立即停止违法行为：一旦发现存在虚开发票的情况，双方应立即停止这种不当行为，避免进一步扩大法律风险。
     • 自行纠正并补缴税款：如果已经因为虚开发票导致少缴税款等情况，应当主动向税务机关申报补缴税款及滞纳金。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
     • 配合税务机关调查：税务机关如果发现虚开发票行为进行调查时，双方应积极配合，如实提供相关资料和情况说明，争取从轻或者减轻处罚。

3. 若双方对于“借回款”有特殊约定但存在争议

   • 查看约定内容：首先要仔细审查双方关于“借回款”的具体约定，包括但不限于借款金额、还款期限、利息计算（如果有）、发票开具等相关条款。例如，双方约定甲方借款给乙方，乙方在一定期限内还款，同时为了财务处理方便，乙方先开具回款发票给甲方，这种情况下要明确双方的权利义务以及违约责任。
   • 协商解决：如果因为约定不明确或者一方未按照约定履行义务而产生争议，双方应首先尝试通过友好协商的方式解决。比如，如果乙方未按照约定时间还款，甲方可以与乙方沟通，了解原因并协商新的还款计划；如果发票开具存在问题，双方可以协商重新开具或者采取其他补救措施。
   • 诉讼或仲裁解决：如果协商无法达成一致意见，双方可以根据合同中的争议解决条款，选择通过诉讼或者仲裁的方式来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，需要提供相关的证据来支持自己的主张，如合同文本、付款凭证、发票、沟通记录等。

总之，针对甲方付款后借回款发票已经开了的情况，要根据实际情况来判断和处理。如果你还有其他关于这方面法律问题的疑问，可以直接向我咨询。