结论：一般情况下，公司不能直接扣除辞职同事未还的借款和未领的工资。以下从不同角度为你详细分析：

从工资支付规定角度

根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，具有专属性和强制性，用人单位不得随意克扣。

同事虽然辞职了，但他未领取的工资是其应得的劳动报酬，公司有义务按照规定支付。而同事的借款属于其与公司之间的债权债务关系，与工资是两个不同的法律关系，不能混为一谈。公司不能因为同事有借款未还，就直接从其工资中扣除。

从债权债务处理角度

同事向公司借款，双方形成了债权债务关系。公司作为债权人，有权要求同事偿还借款。如果同事不偿还，公司可以通过合法的途径来追讨，例如：

1. 协商解决：公司可以与同事进行沟通协商，要求其尽快偿还借款。这种方式比较温和，有利于维护双方的关系，如果同事愿意配合，问题能够得到快速解决。
2. 发送催款函：如果协商无果，公司可以委托律师向同事发送催款函，明确告知其还款义务和逾期还款的法律后果，督促其尽快还款。
3. 提起诉讼：若同事仍然拒绝还款，公司可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。在诉讼过程中，公司需要提供借款合同、转账记录等相关证据，以证明借款事实的存在。

特殊情况分析

如果公司在与同事签订借款合同时，明确约定了如果同事辞职且未按时还款，公司有权从其工资中扣除借款，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，公司可能可以按照约定扣除。但这种约定需要满足以下条件：

1. 双方自愿：借款合同中的扣除条款必须是双方自愿达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。
2. 明确具体：扣除条款要明确具体，包括扣除的金额、方式、时间等，避免产生歧义。
3. 不违反法律法规：扣除行为不能违反法律法规的强制性规定，例如不能低于当地最低工资标准等。

建议：如果公司遇到这种情况，建议先与辞职同事进行友好协商，要求其偿还借款并领取工资。如果协商不成，再通过上述合法的途径来追讨借款。同时，公司在今后的借款管理中，可以完善相关制度和合同条款，明确双方的权利义务，以避免类似的纠纷发生。如果你还有其他关于债务债权或劳动工伤方面的问题，欢迎直接向我咨询。