结论：公司一般不可以直接扣除同事欠你的钱，除非存在特定的合法情形且符合相关程序要求。以下从不同角度为你详细分析：

从公司扣款权限角度

公司并没有随意扣除员工工资或款项的权力。员工的工资等收入是其劳动所得，受到法律保护。公司扣除员工款项需要有明确的法律依据或者经过员工本人的同意。在同事欠你钱的情况下，公司并没有义务和权力直接从该同事的工资或其他收入中扣除款项来偿还给你。因为这是你们两人之间的私人债务关系，公司不是债务的当事人，没有介入处理的直接法律依据。

从合法扣款情形角度

1. 法定扣款情形：根据相关法律规定，公司可以在一些特定情况下扣除员工工资，例如员工因本人原因给公司造成经济损失，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。但这与同事欠你钱的情况不相关，不能作为公司扣款偿还你债务的依据。
2. 约定扣款情形：如果公司规章制度中有明确规定，且该规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定）并公示告知员工，同时员工也书面同意在特定情况下公司可以代扣款项用于偿还债务等情况，那么公司可能有一定的扣款依据。但这种情况非常特殊，需要满足严格的程序和条件，而且一般也是针对员工与公司之间的债务关系，而不是员工之间的私人债务。

从解决债务纠纷角度

如果同事欠你钱且已经辞职，你可以通过以下合法途径来维护自己的权益：

1. 协商解决：你可以尝试与该同事进行友好协商，说明情况，要求其尽快偿还欠款。在协商过程中，可以明确还款的时间、方式等具体事项，并保留好相关的协商记录，如聊天记录、通话录音等。
2. 调解解决：如果协商不成，你可以寻求第三方的调解，例如向当地的调解委员会申请调解。调解委员会可以组织双方进行调解，帮助你们达成还款协议。
3. 诉讼解决：如果调解也无法解决问题，你可以向法院提起诉讼。你需要准备好相关的证据，如借条、转账记录、聊天记录等，以证明同事欠你钱的事实。法院会根据法律规定和证据情况进行审理，并作出判决。如果判决生效后同事仍不履行还款义务，你可以向法院申请强制执行。

如果你在处理这类债务纠纷过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。