公司规定年假按照在公司的时间算，这一规定本身并不直接违法，但具体是否合法还需结合年假的计算方式及是否符合法定标准来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、年假的法定标准
根据《职工带薪年休假条例》第三条的规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。这是国家对年假天数的最低标准规定，公司制定的年假制度应当不低于这一标准。
二、公司年假计算方式的合法性分析
若公司按照在公司的时间计算年假，且计算方式符合或高于法定标准：
- 例如，公司规定员工每在公司工作满一年，年假增加一天，直至达到法定上限或更高。这种计算方式不仅不违法，反而可能为员工提供更多的休假福利。
若公司按照在公司的时间计算年假，但计算方式低于法定标准：
- 例如，公司规定员工无论工作多少年，年假都只有3天，这明显低于法定最低标准（5天），则这种规定是违法的。员工有权要求公司按照法定标准给予年假，或者通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
若公司年假计算方式存在歧义或不明确：
- 如果公司的年假规定表述模糊，导致员工无法准确理解自己的年假天数，或者公司在实际操作中随意解释年假规定，这也可能构成违法。因为公司有义务明确、具体地告知员工年假的计算方式和天数。
三、特殊情况下的年假计算
- 对于新入职的员工，如果其之前已有工作经历，且累计工作年限达到法定年假标准，那么新公司应当根据其累计工作年限来计算年假天数，而不是仅根据在新公司的工作时间来计算。
- 对于离职的员工，如果其未休完的年假，公司应当按照其实际未休天数支付相应的工资报酬，或者安排员工在离职前休完年假。
四、法律建议
- 对于员工：如果公司制定的年假制度低于法定标准或存在歧义，您可以与公司进行沟通协商，要求公司按照法定标准给予年假。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：建议公司在制定年假制度时，务必遵循国家法律法规的规定，确保年假制度合法、合理、明确。同时，公司也应当加强与员工的沟通，确保员工对年假制度有准确的理解。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。