结论前置：入厂月末仅上了两天班却被扣除一个月保险的做法，一般是不合理的，但具体是否合理还需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同角度分析
   根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当依法为劳动者缴纳社会保险。如果劳动合同中明确约定了社会保险的缴纳方式、时间等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定履行。若合同中并未明确规定仅上几天班就需承担整月保险费用，或者规定本身显失公平，那么公司扣除一个月保险的做法就可能缺乏合同依据，是不合理的。

2. 从公司规章制度角度分析
   公司有权制定内部规章制度来规范员工的行为和管理，但这些规章制度必须合法、合理，且不得与法律法规相抵触。如果公司的规章制度中明确规定了员工在特定情况下（如月末入职仅上几天班）需承担整月保险费用，且该规定已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，那么从公司内部管理角度来看，这一做法可能具有一定的合理性。然而，即便如此，如果这一规定与法律法规的强制性规定相冲突，或者显失公平，那么它仍然可能被认定为无效或可撤销。

3. 从法律法规角度分析
   根据《社会保险法》等相关法律法规的规定，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费等社会保险费用。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费等。这意味着，社会保险费用的缴纳应当与职工的实际工资和工作时间相匹配。如果公司仅因员工月末上了两天班就扣除一个月保险费用，这显然与职工的实际工作时间不符，也违反了社会保险费用缴纳的公平原则。

建议：如果您遇到了这种情况，首先应当仔细审查自己的劳动合同和公司的规章制度，看是否有相关规定支持公司的做法。如果没有相关规定或者规定本身不合理、不合法，那么您可以与公司进行协商，要求公司退还多扣除的保险费用。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

温馨提示：社会保险是劳动者的重要权益之一，用人单位应当依法为劳动者缴纳社会保险费用。如果您在社会保险方面遇到任何问题或者疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律解答和帮助。