针对您提出的关于《食品安全法》第一百三十六条免罚但没收的操作问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、法律条款解读

《食品安全法》第一百三十六条明确规定，食品经营者在履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明其进货来源的情况下，可以免予行政处罚。但需要注意的是，不符合食品安全标准的食品仍需被依法没收，以确保不会继续危害公众健康。若因销售不符合食品安全标准的食品而造成人身、财产或其他损害，食品经营者仍需依法承担赔偿责任。

二、操作流程

1. 履行进货查验义务：

   • 食品经营者在采购食品时，必须严格查验供货者的许可证和食品合格的证明文件，如检验报告、合格证等。
   • 确保采购的食品来源合法、质量可靠，并保存好相关采购记录和查验文件。

2. 收集不知情证据：

   • 当发现所采购的食品可能不符合食品安全标准时，食品经营者应迅速收集采购记录、查验文件、供应商提供的合格报告等证据。
   • 这些证据应能充分证明食品经营者在采购时并不知道食品不符合安全标准。

3. 如实说明进货来源：

   • 在监管部门进行调查时，食品经营者应如实、准确地提供供应商的详细信息，包括名称、地址、联系方式等。
   • 配合监管部门进行追溯调查，以便及时找出问题源头并采取措施。

4. 接受没收处理：

   • 尽管食品经营者可能因满足免罚条件而免予行政处罚，但不符合食品安全标准的食品仍需被依法没收。
   • 食品经营者应积极配合监管部门的没收工作，不得阻挠或拒绝。

5. 承担赔偿责任（如适用）：

   • 若因销售不符合食品安全标准的食品而造成人身、财产或其他损害，食品经营者仍需依法承担赔偿责任。
   • 食品经营者应主动与受害者协商赔偿事宜，或通过法律途径解决纠纷。

三、注意事项

• 保持警惕：食品经营者在日常经营中应保持高度警惕，确保销售的食品符合安全标准，避免潜在风险。
• 完善记录：建立完善的采购、销售记录制度，以便在出现问题时能够迅速提供证据。
• 加强培训：定期对员工进行食品安全法律法规和操作规范的培训，提高员工的食品安全意识和操作技能。

四、案例参考

以某超市销售不合格面包为例，该超市从正规供应商处采购，并提供了采购合同、供应商资质文件复印件、进货票据、采购人员证言及供应商提供的检验合格报告等证据。在市场监督管理局抽检发现面包微生物指标不合格后，超市因履行了义务、有充分证据证明不知情且能说明进货来源，被免予处罚，但不合格面包被依法没收。

综上所述，食品经营者在面对《食品安全法》第一百三十六条规定的免罚但没收情况时，应严格按照法律要求履行进货查验义务、收集不知情证据、如实说明进货来源，并积极配合监管部门的没收工作。同时，加强日常经营中的食品安全管理，确保销售的食品符合安全标准。