结论前置：针对您提出的问题，若离职员工起诉公司未发工资，但实际公司已经发放，公司一般不需要反过来起诉员工，而是可以通过提供已发放工资的证据来应对员工的起诉。不过，若员工存在恶意诉讼或诬告等行为，给公司造成了实际损失或名誉损害，公司可以考虑通过法律途径追究员工的责任。
一、公司应对员工起诉的常规做法
收集证据：
- 公司应首先收集并整理所有能证明工资已经发放的证据，包括但不限于工资条、银行转账记录、员工签字确认的工资发放表等。
- 这些证据应能清晰显示工资的发放时间、金额以及发放方式，以证明公司并未拖欠员工工资。
积极应诉：
- 在收到法院的传票或相关法律文书后，公司应积极准备应诉材料，包括答辩状、证据清单等。
- 在答辩状中，公司应明确陈述工资已经发放的事实，并附上相关证据，以反驳员工的起诉。
参与庭审：
- 公司应按时参加庭审，并在庭审过程中充分陈述自己的观点和理由。
- 公司可以邀请财务人员或相关负责人出庭作证，以进一步证明工资已经发放的事实。
二、若员工存在恶意诉讼或诬告行为
追究员工责任：
- 如果员工明知工资已经发放，却故意起诉公司，给公司造成了实际损失（如诉讼费用、律师费用等）或名誉损害，公司可以考虑通过法律途径追究员工的责任。
- 公司可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院提起反诉或另行起诉员工，要求员工承担因其恶意诉讼或诬告行为给公司造成的损失。
收集恶意诉讼或诬告的证据：
- 为了追究员工的责任，公司需要收集员工恶意诉讼或诬告的证据，如员工与他人的聊天记录、邮件往来等，证明员工明知工资已经发放却故意起诉的事实。
- 公司还可以邀请其他员工或相关证人出庭作证，以进一步证明员工的恶意行为。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，公司应保持冷静和理性，避免与员工发生不必要的冲突和争执。
- 公司应积极与员工沟通协商，尝试通过和解或调解的方式解决纠纷，以降低诉讼成本和风险。
- 如果协商无果，公司应及时寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保护。
风险提示：
- 在应对员工起诉的过程中，公司应严格遵守法律程序和规定，避免因程序不当或证据不足而败诉。
- 公司还应注意保护自己的商业秘密和敏感信息，避免在诉讼过程中泄露给无关人员或机构。
最后，作为公司，在面对离职员工起诉未发工资的情况时，应首先通过收集证据和积极应诉来维护自己的合法权益。如果员工存在恶意诉讼或诬告行为，公司可以考虑通过法律途径追究员工的责任。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。