在宅基地上开办企业，一般由自然资源主管部门（原国土资源主管部门）和农业农村主管部门进行查处，具体查处部门可能因违规行为性质和地方规定有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、宅基地使用规定
宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其使用需严格遵守相关法律法规。根据《土地管理法》等相关规定，宅基地的使用应符合土地利用总体规划和村庄规划，且不得擅自改变用途。若未经批准在宅基地上开办企业，即属于擅自改变土地用途的违规行为。
二、查处部门及职责
自然资源主管部门（原国土资源主管部门）：
- 职责：负责土地资源的统一管理和监督，包括土地利用规划、土地审批、土地执法等。
- 查处行为：对于擅自改变土地用途，在宅基地上开办企业的行为，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款等。
农业农村主管部门：
- 职责：负责农村宅基地改革和管理有关工作，包括宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理等。
- 查处行为：在宅基地管理方面，农业农村主管部门也承担着重要职责。对于违规使用宅基地的行为，农业农村主管部门同样有权进行查处，特别是当违规行为涉及宅基地的分配、使用等核心管理环节时。
三、查处流程与依据
- 查处流程：一般包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等步骤。查处部门在发现违规行为后，会依法进行调查取证，收集相关证据材料，然后根据事实和法律规定作出处理决定，并送达当事人执行。
- 查处依据：主要依据《土地管理法》、《农村宅基地管理办法》等相关法律法规。这些法律法规明确规定了宅基地的使用范围、审批程序、违规处罚等内容，为查处部门提供了明确的执法依据。
四、特殊情况与地方规定
- 特殊情况：在某些特殊情况下，如违规行为涉及多个部门或领域时，可能需要多个部门联合查处。例如，若违规行为同时涉及土地利用规划和环境保护等方面的问题，则可能需要自然资源主管部门和环境保护主管部门联合进行查处。
- 地方规定：不同地区可能根据当地实际情况制定了具体的宅基地管理规定和查处办法。因此，在具体案件中，还需结合当地的规定进行判断和处理。
建议：若您在宅基地使用方面遇到问题或发现违规行为，建议及时向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门反映情况并寻求帮助。同时，也请您务必遵守相关法律法规，合理使用宅基地资源。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。