农村宅基地违法查处，主要是指对农村中未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅等违法行为的查处工作。这一工作主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责，同时自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应的协同管理和协助执法职责。

一、主要执法主体及职责

根据新修正的《土地管理法》第78条，农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这包括责令退还非法占用的土地，以及限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。农业农村部门不仅负责农村宅基地的改革和管理有关工作，还承担起草相关法律法规草案及政策、指导宅基地分配使用流转、纠纷仲裁管理以及违法用地查处等重要职责。

二、协同管理部门及职责

1. 自然资源主管部门：虽然农业农村部门是主要的执法主体，但自然资源主管部门也承担着重要的协同管理职责。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定，如责令退还非法占用的土地，限期拆除新建建筑物等。

2. 乡（镇）人民政府：乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序起到关键作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，一旦发现违法建设行为，可以责令停止建设、限期改正；若逾期不改正，则有权进行拆除。乡（镇）政府因其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着不可替代的作用。

三、查处工作的意义与目的

农村宅基地违法查处工作的主要意义在于维护农村宅基地使用的合法性和秩序性，保护耕地资源，防止非法占用土地进行住宅建设等行为的发生。通过查处工作，可以确保农村宅基地的合理分配和使用，促进农村社会的和谐稳定和可持续发展。

四、司法实践的支持

在司法实践中，省内外法院系统、检察院系统在处理相关案件时，均认为农村村民违法占用土地（包括各类土地）建设住宅的行为应由农业农村部门查处。这一实践做法与法律规定和机构职能分工相一致，进一步强化了农业农村部门在宅基地违法行为查处中的主体地位。

综上所述，农村宅基地违法查处是一项涉及多个部门、需要密切配合和协同作战的工作。县级以上人民政府农业农村主管部门作为主要的执法主体，应切实履行好其职责；自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也应根据其职责范围，积极参与到宅基地违法行为的查处工作中来，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。