针对农村违法审批宅基地的问题，对主要责任人的处罚需要依据相关法律法规进行，并确保整个处理流程的公正、公平和公开。以下是对这一问题的详细解答：
一、违法审批宅基地的处理原则
违法审批宅基地必须依法处理，这包括撤销审批、追究责任、恢复原状及加强监管等措施。这些措施旨在确保土地管理秩序，保护当事人的合法权益，并维护法律的权威性和公信力。
二、对主要责任人的处罚措施
行政处分：
- 对违法审批的责任人员，包括审批机关的工作人员及其他相关人员，应依据《土地管理法》《城乡规划法》等相关法律法规给予行政处分。这些处分可能包括警告、记过、降级、撤职、开除等，具体取决于违法行为的严重程度和责任人员的过错程度。
刑事责任：
- 如果违法审批行为构成犯罪，如滥用职权、玩忽职守等，那么责任人员还可能被追究刑事责任。这需要根据具体案情，由司法机关依法进行审判和处罚。
经济处罚：
- 在某些情况下，责任人员还可能面临经济处罚，如罚款等。这通常取决于违法审批行为所造成的经济损失和后果。
三、违法审批宅基地的处理流程
调查核实：
- 相关部门应对涉嫌违法审批的宅基地进行全面调查，包括查阅相关文件资料、询问当事人及证人等，以确认违法审批的事实是否存在。
撤销审批与纠正：
- 一旦确认存在违法审批，审批部门应主动或依上级主管部门、同级人民政府或监察机关的指令启动纠错程序，撤销违法审批决定，并收回宅基地批准文件。对于已经动工建设但尚未完成的宅基地，应立即停止建设，并根据具体情况决定是否拆除已建部分。
恢复原状或补偿：
- 在撤销审批后，若宅基地已发生建设或改变原状，应责令责任人恢复原状或进行相应补偿。对于无法恢复原状的，应由集体收回土地。
四、加强监管与预防
- 为防止类似情况再次发生，相关部门应加强对宅基地审批的监管力度，完善审批流程，加强人员培训，提高审批的透明度和公正性。
- 同时，应建立健全举报机制，鼓励民众积极举报违法审批行为，并对举报人给予保护。
五、对权益受损方的救济途径
- 权益受损方（如相邻权人、土地权益人等）可向上级行政机关申请行政复议，要求撤销违法审批决定；或直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决确认审批行为违法并撤销该审批决定。
- 权益受损方还可通过民事诉讼途径，要求违法审批部门和获得违法审批的当事人赔偿因其违法行为所遭受的经济损失。
综上所述，对农村违法审批宅基地的主要责任人，应依法给予行政处分、刑事责任或经济处罚等，并确保整个处理流程的公正、公平和公开。同时，加强监管和预防措施也是必不可少的，以避免类似问题的再次发生。