针对您提出的“非法超占宅基地如何处罚”的问题，这是一个涉及土地管理法规及地方政策的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、主要责任部门及职责

在处理宅基地超占问题时，主要涉及两个部门：农业农村部门和自然资源部门。

1. 农业农村部门：作为农村宅基地改革和管理的主要部门，农业农村部门负责查处未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅（包括超占宅基地）的行为。他们有权责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

2. 自然资源部门：在土地管理整体工作框架下，自然资源部门负责对违反土地利用总体规划、未办理合法用地手续超占宅基地等行为进行监督管理。他们可能根据具体情况，采取停止违法行为、没收违法建筑物等处罚措施。

二、处罚措施及法律依据

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，非法超占宅基地的处罚措施主要包括：

1. 责令退还非法占用的土地：对于非法占用的宅基地，相关部门将责令违法者退还土地，恢复土地原状。

2. 限期拆除新建房屋：若违法者在非法占用的土地上新建了房屋，相关部门将责令其在规定期限内拆除，以消除违法状态。

3. 罚款：部分地区会根据超占面积的多少设定不同的罚款标准。例如，超占1-50平方米可能每平方米罚款20元，超占51-100平方米可能每平方米罚款50元等。但需要注意的是，罚款标准并非全国统一，而是根据地方政策来确定。

4. 刑事责任：若非法超占宅基地行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，还将依法追究刑事责任。

三、不同时间段的处理方式

宅基地超占问题的处理还受到时间因素的影响。不同时间段的法律法规及地方政策对超占宅基地的处理方式可能有所不同。例如：

• 1982年《村镇建房用地管理条例》实施前建房占用的宅基地面积超过当地标准的，一般可按现有实际使用面积进行登记，通常不会涉及罚款或拆除。
• 1982年至1987年《土地管理法》实施期间，超过当地规定面积标准的宅基地，其超过部分需按当时国家和地方的有关规定处理，可能包含罚款等处理方式。
• 1987年《土地管理法》实施后，对于超过规定面积标准占用的宅基地，通常不予确权登记。特殊情况下，超出部分可能会暂时给予登记，但会在相关文件中注明超占面积，待未来分户建房或房屋拆迁、改建、翻建、政府规划重建时，再按规定处理并重新确权登记。

四、建议与应对措施

面对宅基地超占问题，我建议您：

1. 了解当地政策：首先，了解您所在地区关于宅基地超占的具体政策和法规，因为各地区的处理方式和罚款标准可能存在差异。

2. 咨询专业部门：及时咨询当地的农业农村部门或自然资源部门，获取具体的法律意见和处罚措施。这些部门将提供专业的指导和帮助，确保问题得到妥善解决。

3. 维护合法权益：如果您对宅基地超面积的认定和处理存在异议，有权通过申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，非法超占宅基地的处罚措施涉及多个部门及复杂的法律关系。在处理此类问题时，请务必明确责任部门及其职责范围，了解相关法律法规及处罚措施，并咨询专业部门的意见和指导。通过综合施策、依法依规处理，才能有效遏制宅基地超占现象，维护土地管理的秩序和公正性。