对于宅基地违法行为的查处，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责，同时自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应的协同管理和协助执法职责。以下是对这一结论的详细解释：
主要执法主体：县级以上人民政府农业农村主管部门
- 根据新修正的《土地管理法》第78条，农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这包括责令退还非法占用的土地，以及限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 农业农村部门不仅负责农村宅基地改革和管理有关工作，还承担起草相关法律法规草案及政策、指导宅基地分配使用流转、纠纷仲裁管理以及违法用地查处等职责。这进一步明确了农业农村部门在宅基地违法行为查处中的主体地位。
协同管理部门：自然资源主管部门
- 自然资源主管部门在宅基地违法行为查处中也扮演着重要角色。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定。
- 自然资源主管部门与农业农村部门在宅基地管理上存在密切的协作关系，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。
协助执法主体：乡（镇）人民政府
- 乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序起到重要作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，发现违法建设行为可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
- 乡（镇）政府凭借其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着不可替代的作用。
法律建议与风险提示：
- 如果您发现宅基地违法行为，首先可以向县级以上人民政府农业农村主管部门举报，由其负责查处。
- 同时，您也可以向自然资源主管部门或乡（镇）人民政府反映情况，他们可以根据其职责范围进行协助处理。
- 在举报或反映情况时，请尽量提供详细的违法事实和证据，以便相关部门能够更有效地进行查处。
- 需要注意的是，宅基地违法行为的查处可能涉及复杂的法律程序和证据收集，如果您对此不太了解或遇到困难，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，宅基地违法行为的查处是一个涉及多个部门协同作战的过程。县级以上人民政府农业农村主管部门作为主要的执法主体，应切实履行好其职责；自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也应根据其职责范围，积极参与到宅基地违法行为的查处工作中来。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。