结论：宅基地违法行为的查处主要依据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条的规定，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责，同时自然资源主管部门和乡（镇）人民政府也承担相应的协同管理和协助执法职责。
详细分析：
主要执法依据与主体：
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这一条款明确规定了农业农村部门在宅基地违法行为查处中的主体地位和具体职责。
- 执法主体：县级以上人民政府农业农村主管部门是宅基地违法行为的主要执法主体，负责查处非法占用土地建住宅的行为，并作出相应的行政处罚决定。
协同管理部门及其职责：
- 自然资源主管部门：虽然农业农村部门是主要的执法主体，但自然资源主管部门也承担着重要的协同管理职责。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定。
- 乡（镇）人民政府：乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序起到重要作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，发现违法建设行为可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。乡（镇）政府凭借其贴近基层、反应迅速的优势，在及时发现和制止正在进行的违法建设行为方面发挥着不可替代的作用。
法律后果与处罚措施：
- 对于非法占用土地建住宅的行为，农业农村主管部门将责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这是主要的法律后果和处罚措施。
- 如果超过省、自治区、直辖市规定的标准多占土地，多占的土地将以非法占用土地论处，同样会面临退还土地和拆除房屋的处罚。
建议与行动指南：
- 如果您发现宅基地违法行为，可以向县级以上人民政府农业农村主管部门举报，由其负责查处。
- 同时，您也可以向自然资源主管部门或乡（镇）人民政府反映情况，他们将在其职责范围内协助处理。
- 在处理宅基地违法行为时，各相关部门应密切配合、协同作战，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。
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