农村宅基地的违法行为主要由县级以上人民政府土地行政主管部门（通常为自然资源部门）查处和监管，同时农业农村部门、乡镇人民政府等也承担部分监管职责。以下从不同角度详细分析：

1. 查处主体

• 自然资源部门：根据《土地管理法》第六十七条、第七十七条等规定，县级以上人民政府自然资源主管部门负责对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并依法查处非法占用土地、擅自改变土地用途等违法行为。农村宅基地属于集体建设用地，其违法使用行为（如超面积占用、未经批准建房等）由自然资源部门查处。
• 农业农村部门：根据《农业农村部 自然资源部关于规范农村宅基地审批管理的通知》（农经发〔2019〕6号），农业农村部门负责农村宅基地改革和管理有关工作，包括指导宅基地分配、使用、流转及闲置宅基地和闲置住宅盘活利用等。若违法行为涉及宅基地分配、使用流程违规（如未批先建、骗取审批等），农业农村部门可参与监管。
• 乡镇人民政府：根据《土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。但实践中，乡镇人民政府常受县级政府委托行使部分宅基地管理职权（如审批、巡查等），也可对轻微违法行为进行制止或报告。

2. 监管职责分工

• 自然资源部门：重点监管宅基地的规划、审批、登记及违法用地查处。例如，对未取得宅基地使用权证擅自建房、超占面积等行为进行立案调查，并依法作出行政处罚（如罚款、限期拆除、没收地上建筑物等）。
• 农业农村部门：侧重宅基地制度政策落实、分配使用管理。例如，监督宅基地审批流程是否合规，查处通过虚假材料骗取审批的行为。
• 乡镇人民政府：承担日常巡查、报告及协助执法职责。例如，发现村民违法建房后，可第一时间制止并上报县级部门，或配合执法部门拆除违法建筑。

3. 特殊情形

• 涉及刑事犯罪：若违法行为构成犯罪（如非法转让、倒卖土地使用权罪），由公安机关立案侦查，检察机关提起公诉，法院依法审判。
• 多部门联合执法：对重大、复杂违法行为（如大规模非法占用耕地建房），县级政府可组织自然资源、农业农村、公安等部门联合执法，形成监管合力。

4. 村民维权途径

• 若发现宅基地违法行为，可向乡镇人民政府或县级自然资源部门举报，要求依法查处。
• 对查处结果不服的，可申请行政复议（向上一级政府或主管部门）或提起行政诉讼（向法院起诉）。

建议：农村宅基地管理涉及多部门职责，村民在建房前应依法申请审批，避免违法行为。若遇纠纷或发现违规行为，可直接向我咨询具体法律程序及维权策略。