农村住宅历史违法问题一般由县级以上人民政府自然资源主管部门或乡镇人民政府负责处理，具体处理部门和方式需根据违法行为的性质和严重程度来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、处理部门
县级以上人民政府自然资源主管部门：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门是土地管理的主要执法部门，负责查处非法占用土地、非法转让土地等违法行为。
- 对于农村住宅历史违法问题，如非法占用宅基地、非法买卖宅基地等，自然资源主管部门有权进行调查、处罚，并责令限期改正或恢复土地原状。
乡镇人民政府：
- 乡镇人民政府在农村土地管理中也扮演着重要角色，特别是对于一些轻微的违法行为或涉及本集体经济组织内部的土地纠纷，乡镇人民政府可以依法进行调解和处理。
- 在某些情况下，乡镇人民政府也可能根据上级部门的委托或授权，对特定的农村住宅历史违法问题进行查处。
二、处理方式
行政处罚：
- 对于违反土地管理法规的农村住宅历史违法问题，相关部门将依法进行行政处罚，包括没收违法所得、罚款、限期拆除新建建筑物和其他设施、恢复土地原状等。
- 行政处罚的种类和幅度将根据违法行为的性质、情节和后果等因素来确定。
责令改正：
- 除了行政处罚外，相关部门还可能责令违法行为人限期改正违法行为，如退还非法占用的土地、拆除违法建设的房屋等。
- 责令改正的目的是恢复土地的原状和合法使用状态，保护土地资源的合理利用。
刑事追究：
- 对于情节严重、构成犯罪的农村住宅历史违法问题，如非法转让、倒卖土地使用权罪等，将依法追究刑事责任。
- 刑事追究的目的是惩罚犯罪行为人，维护土地管理秩序和法律的严肃性。
三、特殊情况处理
历史遗留问题：
- 对于一些历史遗留的农村住宅违法问题，如因历史原因形成的“一户多宅”、超面积占用宅基地等，相关部门将根据实际情况和政策规定进行妥善处理。
- 在处理历史遗留问题时，应充分考虑违法行为人的合法权益和实际情况，避免一刀切的处理方式。
政策调整影响：
- 随着土地管理政策的不断调整和完善，一些过去被视为违法的行为可能因政策变化而变得合法或得到宽容处理。
- 在处理农村住宅历史违法问题时，应关注政策调整的影响，确保处理结果的合法性和合理性。
四、建议与注意事项
了解相关法律法规：
- 农村住宅历史违法问题的处理涉及多部法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国刑法》等。在处理此类问题时，应充分了解相关法律法规的规定和要求。
积极配合调查：
- 如果您的农村住宅存在历史违法问题，应积极配合相关部门的调查和处理工作，如实提供相关信息和证据材料。
寻求法律帮助：
- 在处理农村住宅历史违法问题时，如果遇到法律难题或不确定如何处理，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
最后需要强调的是，农村住宅历史违法问题的处理是一个复杂而敏感的过程，需要充分考虑各种因素和利益关系。在处理此类问题时，应坚持依法依规、公平公正的原则，确保处理结果的合法性和合理性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。