在宅基地上建小型加工厂是否违法及如何处理，需分情况讨论：

1. 若宅基地性质及用途未改变，且符合规划与审批要求：

   • 法律背景：宅基地主要用于建造住宅及其附属设施，满足农民居住需求。若要在宅基地上建设小型加工厂，首先需确认该宅基地是否允许改变用途，且该建设行为是否符合当地土地利用总体规划和城乡规划。
   • 处理建议：若符合规划且用途变更得到相关部门批准（如国土资源部门、城乡规划部门等），则建设行为可能合法。但需注意，即使获得批准，也可能需要满足一定的建设标准，如建筑安全、环保要求等。

2. 若宅基地性质或用途被擅自改变，未获得相关审批：

   • 法律后果：根据《土地管理法》及相关规定，擅自改变宅基地用途或未获得审批进行建设，属于违法行为。可能面临责令停止建设、限期改正、罚款，甚至拆除建筑物等处罚。
   • 处理建议：
     • 立即停止建设：若已开始建设但未获得审批，应立即停止，避免违法状态持续。
     • 申请补办手续：尝试向相关部门申请补办用地和建设审批手续，但需注意，若原宅基地用途不允许改变，或建设行为不符合规划，补办手续可能难以获得批准。
     • 拆除或整改：若无法补办手续或建设行为确实违法，可能需要根据相关部门要求拆除建筑物或进行整改，以符合法律规定。

3. 若宅基地上建设的小型加工厂涉及环保、安全等问题：

   • 法律背景：即使建设行为本身合法，若加工厂运营过程中违反环保、安全等法律法规，也可能面临处罚。
   • 处理建议：
     • 确保合规运营：在建设前和运营过程中，确保加工厂符合环保、安全等相关法律法规要求，如办理环保审批手续、安装污染治理设施、确保安全生产等。
     • 接受监管检查：积极配合相关部门的监管检查，及时整改发现的问题，避免违法状态持续。

进一步思考与行动建议：

• 了解当地政策：不同地区对宅基地用途变更和建设的规定可能存在差异，建议先了解当地的具体政策和规定。
• 咨询相关部门：在建设前，向当地国土资源部门、城乡规划部门等咨询，了解是否允许在宅基地上建设小型加工厂，以及需要满足哪些条件和办理哪些手续。
• 寻求法律帮助：若对法律规定或处理流程存在疑问，建议向我咨询，以便更准确地了解法律后果和处理方式。

总之，在宅基地上建小型加工厂是否违法及如何处理，需根据具体情况判断。建议在进行建设前充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。