在宅基地上违建工厂并进行非法生产经营，主要适用的法律法规是《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》，由自然资源部门和城乡规划部门负责管理。以下是对此问题的详细分析：
法律法规适用
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法规定了土地的使用和管理原则，包括宅基地的使用。在宅基地上违建工厂，显然违反了土地用途管制的规定，即宅基地应当用于建造住宅及其附属设施，而非用于工业生产。
- 根据该法，非法占用土地建住宅或者其他建筑物的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
《中华人民共和国城乡规划法》：
- 该法规定了城乡规划的制定、实施和修改程序，以及违反城乡规划的处罚措施。在宅基地上违建工厂，如果未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设，就违反了城乡规划法的规定。
- 根据该法，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
管理部门
自然资源部门：
- 负责土地资源的调查、规划、管理、保护和合理利用。在宅基地上违建工厂，自然资源部门有权进行查处，并责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
城乡规划部门：
- 负责城乡规划的制定、实施和修改。对于违反城乡规划在宅基地上违建工厂的行为，城乡规划部门有权责令停止建设，并根据情况采取改正措施、罚款、限期拆除或没收实物等处罚措施。
法律建议
- 立即停止违法行为：如果已经在宅基地上违建了工厂并进行非法生产经营，应立即停止违法行为，避免进一步的法律后果。
- 主动配合调查：在相关部门进行调查时，应主动配合，提供必要的资料和证据，以便尽快解决问题。
- 寻求合法途径：如果希望在宅基地上进行工业生产，应寻求合法的途径，如申请变更土地用途、取得建设工程规划许可证等。
如果有任何关于宅基地使用、违建处理或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。