结论前置：人力资源公司承包甲方门卫工作后签订三方协议约定不缴纳社保的条款是无效的，该约定违反了法律的强制性规定。以下从多个角度进行分析：

1. 从法律规定角度
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条规定，社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这意味着缴纳社保是用人单位和劳动者的法定义务，具有强制性，不能通过协议的方式予以免除。
   • 《中华人民共和国社会保险法》也明确规定了用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费。所以，三方协议中约定不缴纳社保的内容与上述法律规定相悖，属于无效条款。
2. 从协议效力角度
   • 一份有效的协议需要满足多个条件，其中之一就是内容不违反法律、行政法规的强制性规定。由于不缴纳社保的约定违反了法律的强制性规定，所以该部分约定自始无效，不影响协议其他部分的效力，但如果该约定是协议的核心条款，可能会导致整个协议的效力受到影响，甚至可能被认定为无效协议。
3. 从劳动者权益保护角度
   • 社会保险为劳动者提供了基本的生活保障，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。如果劳动者没有缴纳社保，在面临年老、疾病、失业、工伤、生育等情况时，将无法获得相应的社会保障待遇，这会对劳动者的基本生活造成严重影响。因此，法律强制要求用人单位为劳动者缴纳社保，以保护劳动者的合法权益。
4. 从用人单位风险角度
   • 如果人力资源公司作为用人单位不按照法律规定为劳动者缴纳社保，将面临多种法律风险。例如，劳动行政部门可以责令其限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。此外，劳动者还可以以此为由解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。

建议：人力资源公司应当按照法律规定为门卫等劳动者缴纳社保，以避免法律风险和保障劳动者的合法权益。如果对社保缴纳等问题还有疑问，可以直接向我咨询。