工资由公司实际控制人支付，并不直接等同于认定存在劳动关系，但这一事实是判断劳动关系存在与否的重要参考因素之一。以下从多个角度进行分析：

一、劳动关系的认定标准

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：

1. 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格：即用人单位需具备用工主体资格，劳动者需具备劳动能力并符合法定年龄等条件。
2. 用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动：这要求劳动者在用人单位的指挥、监督下从事劳动，且劳动报酬由用人单位支付。
3. 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分：即劳动者所从事的工作是用人单位业务范围内的工作。

二、工资支付主体与劳动关系的关系

1. 工资支付主体并非认定劳动关系的唯一标准：虽然工资支付是劳动关系中的一个重要环节，但仅凭工资由公司实际控制人支付这一事实，并不能直接认定存在劳动关系。因为实际控制人可能出于多种原因（如代付、资金调配等）支付工资，而不一定意味着其与劳动者之间存在劳动关系。
2. 需结合其他因素综合判断：在判断劳动关系是否存在时，除了工资支付主体外，还需考虑劳动者是否接受用人单位的管理、是否从事用人单位安排的工作、是否遵守用人单位的规章制度等因素。如果劳动者虽然由公司实际控制人支付工资，但并未接受用人单位的管理，也未从事用人单位安排的工作，那么双方之间可能并不构成劳动关系。

三、实际案例与司法实践

在司法实践中，法院在判断劳动关系是否存在时，会综合考虑多种因素。例如，如果劳动者能够提供证据证明其接受用人单位的管理、从事用人单位安排的工作，并由用人单位（或其实际控制人）支付工资，那么法院可能会认定双方之间存在劳动关系。反之，如果劳动者无法提供充分证据证明其与用人单位之间存在上述关系，那么法院可能会认定双方之间不存在劳动关系。

四、法律建议

1. 对于劳动者而言：如果劳动者认为其与用人单位之间存在劳动关系，但工资由公司实际控制人支付，那么劳动者应尽可能收集证据证明其与用人单位之间的关系，如工作证、工作服、考勤记录、工作安排等。同时，劳动者也可以向劳动争议仲裁委员会或法院提起仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。
2. 对于用人单位而言：如果用人单位希望避免与劳动者之间产生劳动关系纠纷，那么用人单位应规范用工管理，与劳动者签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。同时，用人单位也应避免由实际控制人等非用人单位主体支付工资等可能引发纠纷的行为。

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