员工在职期间遭遇重大疾病时，公司的责任与处理方式是一个涉及法律法规、人文关怀及企业责任的多方面问题。以下是对此问题的详细解答：
一、医疗期内的责任与待遇
医疗期的确定：
- 根据员工的工作年限和在本单位的工作时间，员工依法享有一定期限的医疗期，这个期限最长可以达到24个月。在医疗期内，员工有权停止工作进行医疗。
劳动合同的保护：
- 在医疗期内，公司不得依据《劳动合同法》中关于无过失性辞退或经济性裁员的规定解除劳动合同，这是为了保护员工的合法权益，确保其在患病期间不会因工作问题而加重负担。
病假工资与社保待遇：
- 公司应按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资，具体标准还可以参照企业规章制度或集体合同约定。
- 员工患病就医的费用，符合基本医疗保险规定的部分由医保基金支付。若公司购买了补充商业保险，员工还可根据保险合同获得额外赔付。
二、医疗期满后的安排与责任
岗位调整与培训：
- 医疗期满后，公司应根据员工的身体状况和工作能力，合理安排工作岗位。如果员工不能胜任原工作，公司应提供必要的职业培训或技能提升机会，帮助其适应新岗位。
劳动合同的解除与补偿：
- 如果员工经过培训或调整岗位后仍不能适应工作，公司可以依法解除劳动合同。但在此之前，公司需提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资作为补偿。
- 解除劳动合同时，公司还应支付经济补偿金和医疗补助费，确保员工得到合理安置。
三、特殊情况的特别规定
职业病与工伤处理：
- 如果员工患的是职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力，公司不得解除劳动合同，并需按照相关规定给予工伤保险待遇。
- 如果员工的重大疾病被认定为工伤，他们将享受包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等在内的工伤保险待遇。
突发疾病死亡或在48小时内抢救无效死亡：
- 根据《工伤保险条例》，如果员工在工作时间和工作岗位突发疾病死亡，或在48小时内抢救无效死亡，这种情况视同工伤。公司需按工伤保险规定支付丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等。若公司未缴纳工伤保险，这些费用将由公司自行承担。
四、公司的人文关怀与责任
- 无论是否属于工伤，公司都应给予患病员工一定的人道关怀和协助。这包括提供必要的医疗救助、及时送医、通知家属等，并在员工患病治疗期间给予合理的病假安排。
- 公司应建立健全相关规章制度和流程，确保在处理员工重大疾病问题时遵循公平、公正、合理的原则，尊重员工权益和尊严，避免纠纷发生。
五、员工权益维护建议
- 员工在患病期间应了解自己的权益，如劳动能力鉴定、协商调整工作岗位等，并积极与公司沟通协商。
- 如果员工认为公司的处理方式不当或侵犯了自己的权益，可以寻求法律援助或向相关部门投诉举报。
综上所述，员工在职期间遭遇重大疾病时，公司应承担相应的责任和义务，包括提供医疗期内的待遇、妥善进行医疗期满后的岗位调整或劳动合同解除、特别关注职业病和工伤的特殊处理等。同时，公司也应加强人文关怀和责任担当，共同构建和谐稳定的劳动关系。