当员工在工作期间身患重大疾病时，公司应如何支付工资以及承担相应责任，这是一个涉及劳动法与员工权益的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、医疗期内的工资支付与待遇
医疗期的确定：
- 根据员工的工作年限和在本单位的工作时间，依法确定其应享有的医疗期。医疗期的长度因工作年限和单位工作年限的不同而有所差异，最长可达24个月。
病假工资的支付：
- 在医疗期内，公司应按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。具体标准可能因企业规章制度或集体合同的约定而有所不同，但不得低于法定最低标准。
社保待遇与报销：
- 员工患病就医的费用，符合基本医疗保险规定的部分由医保基金支付。若公司购买了补充商业保险，员工还可根据保险合同获得额外赔付。
二、医疗期满后的处理原则
岗位调整与培训：
- 医疗期满后，公司应根据员工的身体状况和工作能力，合理安排工作岗位。如员工不能胜任原工作，公司应提供必要的职业培训或技能提升机会，帮助其适应新岗位。
劳动合同的解除与补偿：
- 若员工经过培训或调整岗位后仍不能适应工作，公司可依法解除劳动合同。但需提前三十日以书面形式通知员工，或额外支付一个月工资作为代通知金。
- 解除劳动合同时，公司应支付经济补偿金，具体标准根据员工在公司的工作年限和工资水平确定。同时，若员工因病或非因工致残完全丧失劳动能力，公司还应支付医疗补助费。
三、特殊情况下的责任承担
职业病与工伤：
- 若员工患的是职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力，公司不得解除劳动合同，并需按照相关规定给予工伤保险待遇。这包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等。
公司过错或违法用工：
- 若公司存在过错，如长时间安排员工加班导致过度劳累而突发疾病，或工作环境恶劣导致员工患病，公司可能需要承担一定的侵权赔偿责任。
- 若公司存在违法用工行为，如未依法为员工缴纳社会保险等，导致员工无法享受相应待遇的，公司也应承担相应的法律责任。
四、员工权益维护建议
及时申请工伤认定：
- 若员工认为自己的疾病可能与工作有关，应及时向社保机构申请工伤认定。申请时需提交相关证明材料，如医疗记录、事故证明等。
了解自身权益：
- 员工应了解自己的合法权益，包括医疗期内的待遇、医疗期满后的岗位调整与培训、劳动合同的解除与补偿等。
寻求法律援助：
- 若员工在处理重大疾病问题时遇到困难或纠纷，可寻求专业的法律援助或咨询劳动仲裁机构，以维护自己的合法权益。
五、公司责任与义务总结
- 公平公正处理：公司在处理员工重大疾病问题时，应遵循公平、公正、合理的原则，尊重员工权益和尊严。
- 完善规章制度：公司应建立健全相关规章制度和流程，确保处理过程的合法性和规范性，避免纠纷发生。
- 提供必要支持：公司应关注员工的健康状况，提供必要的关怀和支持，如合理安排工作时间、提供健康检查等。
综上所述，当员工在工作期间身患重大疾病时，公司应依法支付工资、提供社保待遇，并在医疗期满后根据员工的身体状况和工作能力进行合理调整。同时，公司应关注特殊情况下的责任承担，确保员工的合法权益得到充分保障。