结论：劳动合同签了9月30号辞职后扣1300工资是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和法律规定来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法扣减工资的情形
法定扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 分析：如果扣减的1300元是因为您给用人单位造成了经济损失，并且扣减后的工资不低于当地最低工资标准，同时扣减比例未超过当月工资的20%，那么这种扣减是合法的。
约定扣减：
- 如果劳动合同中明确约定了辞职时需要扣减一定金额作为违约金或培训费等，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照约定扣减工资也是合法的。但需要注意的是，根据《劳动合同法》的规定，除服务期和竞业限制约定外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 分析：如果劳动合同中有相关约定，并且该约定合法有效，那么扣减1300元工资可能是合法的。但如果没有相关约定或约定违法，则用人单位无权扣减。
二、非法扣减工资的情形
无合法依据扣减：
- 如果用人单位无法提供合法依据（如法定扣减或约定扣减）来支持其扣减工资的行为，那么这种扣减就是非法的。
- 分析：如果用人单位仅仅因为您辞职就扣减1300元工资，而没有提供任何合法依据，那么这种扣减是非法的。
扣减比例或金额超标：
- 即使存在法定扣减或约定扣减的情形，如果扣减的比例或金额超过了法律法规或劳动合同约定的标准，那么超出部分的扣减也是非法的。
- 分析：如果扣减的1300元超过了您当月工资的20%，或者扣减后的工资低于当地最低工资标准，那么超出部分或全部扣减可能是非法的。
三、建议与行动
核查劳动合同：
- 首先，建议您仔细核查劳动合同中关于工资扣减的条款，看是否存在相关约定以及约定的合法性。
与用人单位沟通：
- 如果您认为用人单位的扣减行为不合法或不合理，可以与用人单位进行沟通，要求其提供合法依据并解释扣减的原因和金额。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果或您认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结：劳动合同签了9月30号辞职后扣1300工资是否合法，取决于是否存在合法依据以及扣减的比例和金额是否符合法律法规和劳动合同的约定。如果您对此有疑问或认为自己的权益受到了侵害，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取帮助。如有任何法律问题，也可以直接向我咨询。