结论前置：员工未打卡一次罚款100元，这种做法一般不合法，但具体是否合法需分情况讨论。
从法律法规层面分析：
- 根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意对员工进行罚款。罚款属于行政处罚的一种，而只有行政机关在法定职权范围内才有权实施行政处罚，企业并不具备这样的权力。因此，从原则上来说，企业因员工未打卡而罚款100元的做法，缺乏法律依据，是不合法的。
从规章制度层面分析：
- 虽然企业不能随意罚款，但如果企业有明确的规章制度，且该规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，同时规章制度中明确规定了未打卡的处罚措施，且该处罚措施不过于严苛（如罚款金额合理，不超出员工承受范围），那么在这种情况下，企业依据规章制度对员工进行一定的经济处罚（非罚款性质，更倾向于扣减奖金或绩效等）可能是被允许的。但即便如此，“未打卡一次罚款100元”这样的规定，也可能因为罚款金额过高而被认定为不合理。
从实际操作层面分析：
- 在实际操作中，即使企业有规章制度作为依据，但如果员工对罚款提出异议，并引发劳动争议，劳动仲裁机构或法院在审理时，仍然会审查规章制度的合法性、合理性以及是否经过民主程序制定等因素。如果规章制度存在瑕疵或不合理之处，那么企业依据该规章制度对员工进行的处罚可能会被认定为无效。
建议：企业应避免使用“罚款”这一表述，而是可以通过完善考勤制度、设立全勤奖、扣减绩效等方式来激励员工按时打卡。如果员工确实存在未打卡的情况，企业可以与员工进行沟通，了解原因，并根据实际情况进行妥善处理，而不是直接进行罚款。如果员工对企业的处理方式有异议，可以寻求法律援助或向劳动仲裁机构申请仲裁。
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