结论：公司补签劳动合同中将底薪定为2000元、社保补贴1000元的做法，存在不合理且不合法的风险，具体分析如下：

1. 关于底薪2000元的合法性分析
   根据《劳动合同法》及各地最低工资标准规定，用人单位与劳动者约定的工资不得低于当地最低工资标准。若您所在地区的最低工资标准高于2000元（如北京、上海等地目前最低工资均超过2000元/月），则该底薪约定直接违反法律强制性规定，属于无效条款。即使当地最低工资标准为2000元，公司也需注意：最低工资标准是扣除社保个人缴纳部分前的应发工资，若您实际到手工资因社保扣费后低于最低标准，公司仍需补足差额。

2. 关于社保补贴1000元的合法性分析
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为劳动者办理社保登记并缴纳社保费用，不得以补贴形式替代法定社保义务。社保补贴的约定存在两大风险：

   • 违法性风险：社保补贴本质是公司试图通过现金补偿规避社保缴纳义务，该条款因违反法律强制性规定而无效，劳动者仍有权要求公司补缴社保；
     
   • 经济风险：若公司未缴纳社保，您在生病、工伤、失业或退休时将无法享受社保待遇，且公司可能面临社保部门责令补缴、加收滞纳金甚至罚款的处罚（根据《社会保险法》第八十六条，滞纳金按日加收万分之五，罚款最高为欠缴数额一倍以上三倍以下）。

3. 补签劳动合同的特殊注意事项
   若公司补签合同是为了“倒签”（即合同日期写为实际用工之前），根据《劳动合同法实施条例》第六条，公司仍需支付用工之日起至补签合同前双倍工资差额（最多不超过11个月）。即使补签日期为实际用工日，若合同条款存在上述违法内容，您仍有权拒绝签署并要求公司修改，或向劳动监察部门投诉。

建议行动步骤：

1. 核对当地最低工资标准，确认底薪2000元是否合法；
   
2. 明确要求公司依法缴纳社保，拒绝接受社保补贴替代方案；
   
3. 若公司坚持违法条款，可收集工资条、劳动合同等证据，向当地劳动监察大队举报（电话12333）或申请劳动仲裁，主张补缴社保、支付未签合同双倍工资差额（如适用）等权益。
   

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