结论前置：公司从员工应得的赔偿款中扣走一部分是否合法，需分情况讨论，若雇主险的赔偿对象为员工本人，公司无权扣留赔偿款；若雇主险的赔偿对象为公司，公司扣除部分赔偿款用于弥补损失可能合法，但需符合法定或约定条件。以下是具体分析：

1. 雇主险的赔偿对象与性质

雇主险，通常指的是雇主责任险，其本质是公司为了转移自身在员工工作过程中可能面临的赔偿责任风险而购买的保险。该险种的赔偿对象，理论上应为因工作遭受事故伤害或患职业病的员工本人，或其近亲属（在员工因工死亡的情况下）。保险赔偿金的目的，是弥补员工因工作伤害所遭受的经济损失，如医疗费、伤残赔偿金、死亡赔偿金等。

1. 公司扣除赔偿款的合法性分析

   • 若赔偿款直接支付给员工：在此情况下，保险赔偿金属于员工的个人财产，公司无权擅自扣留或分配。如果公司因员工的工作伤害已经承担了相应的赔偿责任（如支付了医疗费、工伤赔偿等），且这些费用在保险赔偿范围内，公司可以依据相关法律法规或内部规章制度，要求员工将部分或全部保险赔偿金返还给公司，以弥补公司已支付的费用。但这种返还请求应当通过合法途径提出，如与员工协商、通过劳动仲裁或诉讼等，而不能直接从员工的工资或保险赔偿金中扣除。
   • 若赔偿款支付给公司：在某些情况下，雇主责任险的赔偿款可能直接支付给公司，以弥补公司因员工工作伤害而遭受的直接经济损失（如设备损坏、生产中断等）。在这种情况下，公司扣除部分赔偿款用于弥补自身损失，可能是合法的。但同样，这种扣除应当符合保险合同的约定，以及相关法律法规的规定，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。

2. 公司行为的合规性建议

无论哪种情况，公司都应当确保其行为符合相关法律法规的规定，以及保险合同的约定。如果公司擅自扣除员工的保险赔偿金，或未经员工同意将赔偿款用于其他用途，可能构成违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。

温馨提示：如果您遇到了公司擅自扣除雇主险赔偿款的情况，建议您先与公司进行沟通协商，了解公司扣除的具体原因和依据。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。