原配知道小三存在五年以后，仍然可以起诉，但起诉的焦点和法律效果需根据具体诉求和事实情况来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 若原配起诉小三侵犯名誉权等民事权益：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，任何公民的人事权益受法律保护，若小三的行为（如公开挑衅、散布谣言等）侵犯了原配的名誉权、隐私权等民事权益，原配有权依法向人民法院提起诉讼，要求小三承担侵权责任。
   • 时间限制：此类诉讼通常受诉讼时效的限制，一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但需注意，若存在诉讼时效中断、中止等情形，诉讼时效期间会重新计算或延长。因此，即使原配知道小三存在五年，只要在诉讼时效期间内，仍可以提起诉讼。

2. 若原配起诉小三与配偶构成重婚罪：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条的规定，有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。若小三与原配的配偶以夫妻名义共同生活，或小三明知原配配偶已婚仍与其结婚，则可能构成重婚罪。
   • 时间限制：重婚罪属于刑事犯罪，其追诉时效根据刑法规定，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年。因此，若原配在知道小三存在后的五年内提起刑事自诉或要求公安机关立案侦查，且符合追诉条件，是可以追究小三刑事责任的。但需注意，若超过追诉时效，则可能无法再追究刑事责任。

3. 若原配起诉离婚并主张损害赔偿：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千零九十一条的规定，因一方重婚、与他人同居等重大过错导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿。若原配因配偶与小三的不正当关系而提起离婚诉讼，并主张配偶承担损害赔偿责任，此时小三虽非直接被告，但配偶的过错行为可能与小三有关。
   • 时间限制：离婚诉讼及损害赔偿请求同样受诉讼时效的限制，但通常与离婚诉讼一并提起，不受单独诉讼时效的严格限制。因此，原配在知道小三存在后的任何时间提起离婚诉讼，并主张损害赔偿，只要符合法律规定的条件，均可获得法院支持。

建议与指导：

• 在提起诉讼前，原配应收集充分的证据，如聊天记录、照片、视频等，以证明小三的侵权行为或与配偶的非法关系。
• 原配应根据自身诉求和事实情况，选择合适的诉讼类型和策略，以最大化维护自身权益。
• 若原配对法律程序不熟悉或证据收集有困难，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律支持和服务。

综上所述，原配知道小三存在五年以后，仍然可以起诉，但需根据具体诉求和事实情况来确定起诉的焦点和法律效果。