原配在分开三年后，是否还可以起诉“小三”，这主要取决于原配起诉的具体诉求以及相关证据情况。以下从不同角度进行分析：
一、若原配起诉“小三”侵犯名誉权等人格权利
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有名誉权等人格权利，任何组织或者个人不得以侮辱、诽谤等方式侵害他人的名誉权。
分析：
- 如果“小三”在婚姻关系存续期间或之后，通过公开侮辱、诽谤等方式损害了原配的名誉权，那么原配有权在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。
- 这里的“三年”是诉讼时效期间，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，即使原配与配偶已经分开三年，只要在此期间内发现了“小三”的侵权行为，并且没有超过诉讼时效，就可以起诉。
二、若原配起诉“小三”返还财产（如配偶赠与的财物）
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。夫妻对共同财产，有平等的处理权。
- 如果一方未经另一方同意，擅自将共同财产赠与他人，这种赠与行为可能被视为无效，受赠人应当返还所得财物。
分析：
- 如果原配能够证明配偶在婚姻关系存续期间，未经其同意将共同财产赠与了“小三”，那么原配有权要求“小三”返还这些财物。
- 同样地，这里的诉讼时效也是三年，自原配知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，即使已经分开三年，只要原配在此期间内发现了配偶的赠与行为，并且没有超过诉讼时效，就可以起诉要求返还。
三、若原配起诉“小三”破坏婚姻关系（如重婚罪）
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
分析：
- 如果“小三”明知他人有配偶而与之结婚，或者与有配偶者以夫妻名义共同生活，那么可能构成重婚罪。
- 但是，重婚罪的追诉时效是五年，自犯罪之日起计算。如果原配想要以重婚罪起诉“小三”，需要确保在犯罪之日起五年内提起诉讼。不过，由于您提到的是已经分开三年，这并不意味着一定超过了追诉时效，具体还需要看犯罪行为发生的时间。
- 此外，重婚罪的认定需要严格的证据支持，包括但不限于结婚证、同居证明、证人证言等。
四、建议与注意事项
- 收集证据：无论原配选择以何种理由起诉“小三”，都需要收集充分的证据来支持自己的诉求。这包括但不限于聊天记录、转账记录、照片、视频等。
- 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起诉讼之前，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 注意诉讼时效：如前所述，不同的诉求可能有不同的诉讼时效期间。因此，在决定提起诉讼之前，请务必确认是否已经超过了诉讼时效。
综上所述，原配在分开三年后是否还可以起诉“小三”，取决于具体的诉求以及相关证据情况。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。