机关人员工资和奖金不在同一单位发放是否违规，需分情况讨论，具体如下：

1. 若机关单位存在合法合规的关联关系，且发放安排符合财政、人事管理规定，则不违规
   机关单位（尤其是行政机关或事业单位）可能因财政拨款渠道、人事管理权限等客观原因，需通过关联单位（如上级主管部门、下属事业单位、财政代发中心等）代发工资或奖金。例如：

   • 财政统一代发：部分地区为规范资金管理，由财政部门设立的“工资统发中心”统一发放工资，而奖金由单位自行发放；
     
   • 关联单位代发：如某机关下属的事业单位具备独立财务权限，可能代为发放部分补贴或奖金；
     
   • 跨单位调动人员：若人员从A单位调至B单位，但工资关系未及时转移，可能出现短期内的“分开发放”。
     关键点：需满足以下条件：
     
   • 代发单位与原单位存在合法关联（如隶属、委托关系）；
     
   • 发放依据明确（如财政文件、单位内部规定）；
     
   • 资金来源合法（无挪用、截留等情形）。
     

2. 若单位通过非关联主体发放工资奖金，且无合法依据，则可能涉嫌违规
   若机关单位为规避财务监管、税务审查或审计要求，故意将工资、奖金拆分至无关联的第三方单位（如企业、社会团体等）发放，可能涉及以下问题：

   • 违反财政纪律：根据《财政违法行为处罚处分条例》，单位不得虚列支出、转移资金，否则可能面临行政处罚；
     
   • 税务风险：若拆分发放导致个人所得税申报不实（如少报收入、逃避纳税义务），可能涉及偷税漏税；
     
   • 审计问题：审计机关可能认定此类行为为“账外资金”或“小金库”，追究单位及责任人责任。
     

建议：

• 若您所在单位存在分开发放情况，可要求单位出具书面说明，明确代发单位、资金来源及发放依据；
  
• 若怀疑单位存在违规操作（如通过无关联企业发放、隐瞒收入等），可向同级财政部门、审计机关或纪检监察部门举报；
  
• 如有具体案例或文件依据，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析合规性。