行政协议部分无效时，企业损失的酌定需综合考虑多方面因素，以下从不同角度进行分析：

1. 损失范围与因果关系

   • 损失范围：企业因行政协议部分无效所遭受的损失，应限于与无效部分直接相关的实际损失。这包括但不限于直接经济损失（如已投入的资金、设备、人力等成本）和间接经济损失（如因协议无效导致的预期利益损失、市场机会丧失等）。
   • 因果关系：在确定损失范围时，需严格审查损失与行政协议部分无效之间的因果关系。只有那些因行政协议部分无效而直接导致的损失，才能被纳入赔偿范围。例如，若企业因行政协议无效而无法继续开展某项业务，进而导致预期收益减少，这部分预期收益损失在符合一定条件下可被视为间接经济损失。

2. 过错责任与赔偿原则

   • 过错责任：在行政协议部分无效的情况下，需根据双方当事人的过错程度来分配责任。若行政机关因违法行使职权导致协议部分无效，且企业无过错，则行政机关应承担全部赔偿责任；若企业也存在过错，如明知行政机关无权签订协议仍与之签订，则企业应自行承担部分损失。
   • 赔偿原则：赔偿应遵循“填平原则”，即赔偿金额应足以弥补企业因行政协议部分无效所遭受的实际损失，但不得超过损失范围。同时，赔偿应合理、公正，避免过度赔偿或赔偿不足。

3. 损失酌定的具体方法

   • 市场评估法：对于因行政协议部分无效导致的资产贬值或预期收益减少等损失，可采用市场评估法进行酌定。即委托专业评估机构对受损资产或预期收益进行评估，以评估结果作为赔偿依据。
   • 成本核算法：对于企业已投入但因行政协议部分无效而无法收回的成本，如已支付的款项、已购置的设备等，可采用成本核算法进行酌定。即根据企业提供的成本凭证和实际情况，核算出实际损失金额。
   • 专家意见法：在损失难以直接量化或存在争议的情况下，可邀请相关领域的专家出具意见，作为酌定损失的参考。专家意见应基于客观事实和专业知识，具有合理性和可信度。

4. 法律程序与救济途径

   • 协商调解：在行政协议部分无效导致企业损失的情况下，双方当事人可首先尝试通过协商调解的方式解决争议。协商调解具有灵活性和高效性，有助于快速恢复双方关系并减少损失。
   • 行政诉讼或仲裁：若协商调解无果，企业可依法向人民法院提起行政诉讼或根据协议约定申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，企业应充分举证证明自己的损失情况，并请求法院或仲裁机构依法判决或裁决行政机关承担相应的赔偿责任。

特别注意事项：

• 在行政协议部分无效的情况下，企业应及时采取措施防止损失扩大，如停止继续投入、妥善保管受损资产等。否则，因企业自身原因导致的损失扩大部分，可能无法获得赔偿。
• 企业在主张损失赔偿时，应提供充分的证据证明损失情况，包括成本凭证、评估报告、专家意见等。证据应真实、合法、有效，能够形成完整的证据链。

总结：行政协议部分无效时，企业损失的酌定是一个复杂而细致的过程，需综合考虑损失范围、因果关系、过错责任、赔偿原则以及具体酌定方法等多方面因素。企业在面临此类情况时，应积极采取措施维护自身合法权益，并寻求专业律师的帮助以确保损失得到合理赔偿。如有具体法律问题，可直接向我咨询。