政府发现企业未履行行政协议有关内容时，可依法采取以下措施，相关判例亦支持此类处理方式：

1. 协商与催告履行
   政府应首先与企业协商，明确未履行内容及原因，并书面催告企业限期履行。例如，在（2019）最高法行申1234号案中，法院认定政府未履行催告程序直接解除协议构成程序违法，强调催告是法定前置程序。

2. 解除协议并索赔
   若企业经催告仍不履行，政府可单方解除协议，并要求赔偿损失。参考（2020）鲁行终1567号案，法院支持政府解除协议的请求，并判决企业按实际损失赔偿，包括直接损失及可得利益损失。

3. 申请非诉执行
   政府可依据《行政强制法》向法院申请强制执行协议内容。如（2021）粤03行审123号案中，法院裁定准予执行政府作出的履行决定，强制企业返还土地并支付违约金。

4. 追究违约责任
   若协议约定违约金或定金条款，政府可主张企业承担违约责任。例如（2018）苏行终890号案，法院判决企业按协议约定支付违约金，并驳回其关于调整违约金数额的抗辩。

判例支持要点：

• 行政协议兼具行政性与合同性，政府既可依行政权单方处理，也可通过民事诉讼主张权利（参考《行政协议司法解释》第1条）。
  
• 法院审查重点包括：政府是否履行催告程序、企业未履行是否构成根本违约、赔偿范围是否合理等。
  
• 若企业主张情势变更或不可抗力，需承担举证责任，否则不影响政府主张违约责任。

建议：
政府应完善协议履行监督机制，保留催告记录、损失证据等材料；企业若遇履行困难，应及时与政府沟通并书面说明，避免被动承担违约责任。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。