在行政协议部分无效且企业没有证据证实损失的情况下，企业损失的酌定是一个复杂且需谨慎处理的问题。以下是从不同角度对此问题的分析：

1. 损失酌定的基本原则：

   • 在行政协议部分无效的情形下，若企业无法提供直接证据证明其因协议无效而遭受的具体损失，法院或仲裁机构在酌定损失时，会遵循公平、合理、诚实信用的原则，结合案件的具体情况，包括协议的履行情况、双方的过错程度、市场行情等因素，进行综合判断。

2. 可能考虑的因素：

   • 协议履行情况：如果协议已经部分履行，法院或仲裁机构可能会考虑企业因协议部分无效而未能获得的预期利益，以及因协议无效而可能产生的额外费用或损失。
   • 双方过错程度：如果协议无效是由于行政机关的过错导致的，企业可能更容易获得损失的酌定；如果企业自身也存在过错，如未尽到合理的审查义务，那么其损失的酌定可能会受到一定影响。
   • 市场行情与行业标准：在缺乏直接证据的情况下，法院或仲裁机构可能会参考类似交易的市场行情或行业标准，来估算企业可能遭受的损失。
   • 专家意见与鉴定结论：虽然企业没有直接证据，但如果能够提供专家意见或鉴定结论来支持其损失的主张，这些意见或结论也可能被法院或仲裁机构采纳作为酌定损失的依据。

3. 企业应采取的措施：

   • 积极收集间接证据：尽管直接证据缺失，但企业仍应尽力收集与损失相关的间接证据，如交易记录、沟通记录、市场调研报告等，以支持其损失的主张。
   • 申请专家鉴定或评估：如果可能，企业可以申请专家对损失进行鉴定或评估，以提供更专业的意见作为损失酌定的依据。
   • 与行政机关协商：在诉讼或仲裁前，企业可以尝试与行政机关进行协商，寻求双方都能接受的损失赔偿方案。

4. 法律后果与风险提示：

   • 如果法院或仲裁机构最终酌定的损失金额低于企业的预期，企业可能需要接受这一结果，并考虑是否继续通过其他途径寻求救济。
   • 如果企业因无法提供充分证据而未能获得任何损失赔偿，这可能会对其财务状况和经营产生一定影响。因此，企业在签订行政协议时，应尽可能明确协议条款，并保留好相关证据，以防范潜在的风险。

在处理此类问题时，每个案件的具体情况都是独特的，因此损失的酌定也会因案而异。如果企业面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和策略。