行政协议部分无效的情况下，能否支持设备报废损失，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、行政协议部分无效的法律后果
行政协议部分无效，通常意味着协议中的某些条款因违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等原因，被认定为无效。然而，部分无效并不等同于整个协议无效，其余部分如果符合法律、行政法规的规定，且不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
二、设备报废损失与行政协议部分无效的关系
设备报废损失是否由无效条款直接导致：
- 如果设备报废损失是由行政协议中无效条款直接导致的，例如，协议中约定了不合理的设备使用、维护或报废条件，且这些条件因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效，那么受损方有权要求对方承担因无效条款导致的损失，包括设备报废损失。
设备报废损失与无效条款无直接关联：
- 如果设备报废损失并非由行政协议中的无效条款直接导致，而是由于其他原因，如设备老化、技术更新、市场变化等，那么受损方可能难以直接依据行政协议的部分无效来主张设备报废损失。此时，受损方可能需要通过其他法律途径，如侵权责任、合同违约（如果协议其他部分仍有效且对方存在违约行为）等来寻求救济。
三、法律建议
审查行政协议：
- 受损方应首先仔细审查行政协议，明确哪些条款被认定为无效，以及这些无效条款与设备报废损失之间是否存在直接关联。
收集证据：
- 受损方应收集相关证据，如设备报废的鉴定报告、协议无效的法律文书、损失计算依据等，以证明设备报废损失与行政协议部分无效之间的因果关系。
寻求法律救济：
- 如果设备报废损失确实由行政协议中的无效条款直接导致，受损方可以依法向对方主张赔偿。如果双方无法协商解决，受损方可以向人民法院提起诉讼或根据协议约定申请仲裁。
考虑其他法律途径：
- 如果设备报废损失与行政协议部分无效无直接关联，受损方可以考虑通过其他法律途径来寻求救济，如提起侵权责任诉讼或合同违约诉讼（如果协议其他部分仍有效且对方存在违约行为）。
总结来说，行政协议部分无效能否支持设备报废损失，需根据具体情况来判断。如果设备报废损失是由无效条款直接导致的，受损方有权要求对方承担损失；如果与无效条款无直接关联，则受损方可能需要通过其他法律途径来寻求救济。在处理此类问题时，建议受损方及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。