民事公益诉讼达成的协议，在符合法定条件的情况下，可以申请司法确认。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律依据与司法确认的适用范围

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，司法确认程序主要适用于调解协议的确认。虽然民事公益诉讼有其特殊性，但若公益诉讼中双方当事人达成了调解协议，且该协议不损害社会公共利益、不违反法律强制性规定，那么该调解协议在性质上与普通民事纠纷中的调解协议并无本质区别。因此，在民事公益诉讼中达成的调解协议，同样可以依法申请司法确认。

二、司法确认的条件与程序

1. 条件：

   • 调解协议需由双方当事人自愿达成；
   • 调解协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益；
   • 调解协议需明确、具体，具有可执行性。

2. 程序：

   • 双方当事人需共同向有管辖权的人民法院提出司法确认申请；
   • 人民法院需对调解协议进行审查，确认其合法性和有效性；
   • 经审查，人民法院认为调解协议符合法律规定的，将出具民事裁定书，确认调解协议的效力。

三、民事公益诉讼中申请司法确认的特殊考虑

在民事公益诉讼中，由于涉及社会公共利益，人民法院在审查调解协议时可能会更加严格。除了审查调解协议的合法性、有效性外，还可能对调解协议是否充分保护了社会公共利益进行评估。若调解协议未能充分保护社会公共利益，人民法院可能会拒绝确认其效力，或者要求双方当事人对调解协议进行修改。

四、法律后果

一旦调解协议经过司法确认，即具有强制执行力。若一方当事人不履行调解协议，另一方当事人可以依法向人民法院申请强制执行。这有助于确保民事公益诉讼中达成的调解协议得到有效履行，从而维护社会公共利益。

总结与建议：

民事公益诉讼中达成的调解协议，在符合法定条件的情况下，可以申请司法确认。为确保调解协议的合法性和有效性，以及充分保护社会公共利益，建议双方当事人在达成调解协议前，充分咨询专业律师的意见，并在达成协议后及时向人民法院申请司法确认。若您在民事公益诉讼或相关领域有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。