结论：在厂里上班提早1分钟吃饭被扣50元，这一做法是否合法，需结合具体情况及公司规章制度来判断，但一般情况下，这种扣罚可能缺乏合理性，甚至可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法合理：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，但这些制度必须符合法律法规的规定，且内容应当合理。如果规章制度中明确规定了提前吃饭的扣罚标准，但该标准过于严苛或不合理（如提早1分钟吃饭扣50元），则可能因违反合理性原则而被认定为无效。
规章制度需经民主程序制定并公示：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。如果公司未履行这些程序，其规章制度可能对员工不产生约束力。
二、法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司因员工提早1分钟吃饭而扣罚50元，且这种扣罚没有合理的依据或未经过民主程序制定，那么这种扣罚可能构成无故克扣工资，是违法的。
罚款的合法性：
- 在一般情况下，用人单位对员工进行罚款需要法律依据。目前，除了特定行业（如金融、证券等）或特定情况下（如员工违反安全规定造成重大损失等），用人单位对员工进行罚款的合法性存在争议。对于提早1分钟吃饭这种轻微违纪行为，公司直接扣罚50元可能缺乏法律依据。
三、实际操作建议
与公司沟通：
- 如果员工认为公司的扣罚不合理或违法，可以首先与公司进行沟通，了解扣罚的具体依据和原因，并尝试协商解决。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的扣罚决定并支付被扣罚的工资。如果对劳动仲裁结果不满，还可以向法院提起诉讼。
举例说明：假设某公司规章制度中规定“员工不得提前吃饭，否则每次扣罚50元”，但该规定未经民主程序制定且未公示给员工。在这种情况下，如果员工因提早1分钟吃饭被扣罚50元，员工可以主张该扣罚决定无效，并要求公司支付被扣罚的工资。
总结与建议：公司因员工提早1分钟吃饭而扣罚50元的做法，在一般情况下可能缺乏合理性甚至违法。员工在遇到这种情况时，可以先与公司沟通协商，如果无法解决，可以寻求法律途径维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。