当劳动合同中约定的工资与实际发放的工资不一致时，补偿金的计算通常以劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的实际平均工资为准。以下是对此问题的详细分析：
一、赔偿计算基础
以实际工资为准：
- 在劳动合同中，若合同工资与实际发放工资存在差异，赔偿金计算应以实际支付的工资为基础，而非仅依据合同约定的数额。这是因为实际工资是劳动者真正获得的劳动报酬，更能反映其劳动价值。
- 实际工资的计算应涵盖所有货币性收入，包括但不限于基本工资、奖金、津贴等。这些收入都是劳动者因提供劳动而获得的，应纳入赔偿计算的范畴。
月平均工资的计算：
- 具体赔偿金额依据劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均实际工资来确定。这一规定旨在确保赔偿金额的公平性和合理性，避免因短期工资波动而影响赔偿结果。
- 如果劳动者工作不满十二个月，则按实际工作月数计算平均工资。例如，劳动者工作了6个月，则以其6个月的平均工资作为赔偿计算的依据。
二、不同情况下的赔偿规则
用人单位少发工资：
- 经济补偿：若用人单位未足额支付工资，劳动者有权解除劳动合同并要求经济补偿。补偿标准按劳动者在本单位工作年限，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计，不满六个月支付半个月工资。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，确保其在用人单位未足额支付工资时能够获得相应的经济补偿。
- 加付赔偿金：若用人单位支付的工资低于当地最低工资标准，除补足差额外，还需按应付金额的50%至100%加付赔偿金。这一规定旨在惩罚用人单位的违法行为，并确保劳动者的基本生活需求得到满足。
用人单位多发工资：
- 若用人单位多发工资，劳动者构成不当得利，用人单位有权要求返还多发部分。若劳动者拒绝返还，用人单位可通过法律途径追讨，劳动者可能承担诉讼产生的合理费用。这一规定旨在维护用人单位的合法权益，防止劳动者因不当得利而损害用人单位的利益。
争议认定工资标准：
- 当双方对工资标准有争议时，劳动者可提供工资支付记录（如银行流水、工资条）、考勤记录、同事证言等证据证明实际工资水平。这些证据能够直观地反映劳动者的实际工资情况，有助于仲裁机构或法院作出公正的裁决。
- 若无法证明实际工资高于合同工资，可能按照合同约定工资作为赔偿计算依据。因此，劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保合同工资与实际工资相符，以避免不必要的纠纷。
三、争议解决途径
劳动仲裁：
- 劳动者对赔偿金额或其他相关事宜有争议时，可向劳动仲裁委员会申请仲裁。仲裁机构将依法进行裁决，确保双方权益得到公正处理。劳动仲裁是一种快速、有效的解决劳动争议的方式，能够节省劳动者的时间和精力。
法律诉讼：
- 在特定情况下，劳动者可选择向法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。诉讼过程中，劳动者需提供充分证据支持其主张，法院将根据事实和法律作出判决。虽然诉讼过程可能较为漫长和复杂，但它能够为劳动者提供更全面的法律保护。
四、注意事项与建议
保留证据：
- 劳动者应妥善保存所有与工资相关的证据，以便在争议发生时提供有力证明。证据包括但不限于工资条、银行流水、劳动合同、考勤记录等。这些证据是劳动者维护自己合法权益的重要依据。
及时维权：
- 一旦发现合同工资与实际工资不符，劳动者应及时向用人单位提出异议，并寻求法律途径维护自己的合法权益。避免拖延导致证据丢失或时效过期，影响维权的成功率。及时维权能够确保劳动者的权益得到及时保护，避免损失扩大。
综上所述，当劳动合同中约定的工资与实际发放的工资不一致时，补偿金的计算通常以劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的实际平均工资为准。劳动者在遇到此类问题时，应了解相关法律法规和赔偿规则，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。