当公章被小股东控制时，公司可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 查看公司章程或相关协议

   • 重要性：公司章程是公司的基本法律文件，其中通常会明确公章的保管和使用规定。这些规定是公司要求小股东交出公章的重要依据。
   • 具体操作：公司应首先检查章程中是否规定了公章的保管人、使用流程等。若小股东的控制行为违反了这些规定，公司有权依据章程要求其归还公章。例如，如果章程规定公章由法定代表人保管，而小股东私自掌控，则法定代表人可依据章程要求小股东交还。

2. 协商解决

   • 内部沟通：公司可以尝试与小股东进行友好协商，了解其控制公章的原因和诉求，并尝试达成一致意见。
   • 谈判技巧：在协商过程中，公司应保持冷静理性，表达收回公章的合理需求，同时倾听小股东的意见，提出合理的解决方案，如建立规范的公章使用制度，保障其知情权和监督权。通过沟通，可能让小股东主动交出公章，从而避免法律纠纷。

3. 召开股东会或董事会

   • 决策机构：若协商无果，公司可以按照公司章程规定召开股东会或董事会，就公章问题进行表决。
   • 法律依据：根据《公司法》的规定，股东会和董事会作出的合法决议对公司和股东具有约束力。因此，若决议要求小股东交出公章，而其拒不执行，公司可据此采取进一步措施。
   • 操作要点：在召开会议时，公司应确保会议召开的合法性，决议内容明确且符合法律法规。

4. 寻求行政救济

   • 挂失补办：若小股东拒不交出公章，且公司已尝试合法途径收回但无果，公司可以向公安机关报失并申请重新刻制公章。但此方法需谨慎使用，以免引发法律风险和争议。
   • 前提条件：在采取此措施前，公司应确保已尝试合法途径收回公章，并有充分证据证明小股东的行为对公司造成了不利影响。

5. 提起诉讼

   • 法律手段：若上述方法均无效，公司可以向法院提起诉讼，要求小股东返还公章并赔偿损失。
   • 法律依据：根据《民法典》的规定，无权占有他人动产的，权利人可以请求返还原物。公司作为公章的所有权人，有权要求小股东返还。
   • 诉讼准备：在提起诉讼前，公司应收集公司章程、股东会决议等证据，证明公司对公章享有合法的控制权及小股东的无权占有行为。若小股东控制公章期间给公司造成了经济损失，公司还可同时要求其承担赔偿责任。

6. 完善公司管理制度

   • 预防措施：为避免类似问题再次发生，公司应完善管理制度，明确公章的管理和使用权限。
   • 建议：公司可以制定详细的公章使用规定，包括保管人、使用流程、审批权限等；加强员工培训，提高法律意识；定期审查公章使用情况，确保合规性。

在处理此类问题时，公司应保持冷静理性，依法依规行事，以维护自身合法权益和公司的正常运营秩序。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。