针对“公司公章在实际控制人手里怎么办”这一问题，首先我们要明确的是，公司公章作为公司的重要财物和权力象征，其管理和使用应遵循公司章程和相关法律法规。以下是我对此问题的分析和建议：

1. 明确公章管理制度：

   • 首先，应查阅公司章程或相关内部管理制度，了解公章管理的具体规定。若章程或制度中有明确规定公章的保管、使用及审批流程，则应严格按照这些规定执行。
   • 若公司未制定明确的公章管理制度，建议尽快与实际控制人沟通，协商制定一套合理的公章管理制度，并明确公章的保管人、使用权限及审批流程。

2. 评估实际控制人持有公章的合理性：

   • 若实际控制人持有公章是基于公司章程或股东会、董事会的授权，且其使用公章的行为符合公司利益，则这种持有是合理的。
   • 若实际控制人无正当理由擅自持有公章，或滥用公章权力，损害公司或其他股东利益，则这种持有是不合理的，需要采取相应措施予以纠正。

3. 采取措施纠正不合理持有：

   • 若实际控制人持有公章不合理，可首先通过沟通协商的方式，要求其归还公章或按照公司规定使用公章。
   • 若沟通协商无果，可考虑通过法律途径维护公司权益。例如，向法院提起诉讼，请求确认实际控制人持有公章的行为无效，并要求其归还公章；或向相关监管部门举报，请求其介入调查并处理。

4. 加强公章管理监督：

   • 无论公章最终由谁保管，都应加强对公章使用的监督和管理。可设立专门的监督机构或指定专人负责公章使用的审批和登记工作，确保公章使用的合法性和合规性。
   • 同时，应定期对公章使用情况进行审计和检查，及时发现并纠正存在的问题。

综上所述，处理公司公章在实际控制人手里的问题时，应首先明确公章管理制度，评估实际控制人持有公章的合理性，并采取相应的措施纠正不合理持有。同时，加强公章管理的监督和审计也是必不可少的。如有任何具体法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。