结论前置：在公司拖欠工资的情况下，您无需主动办理离职申请，反而应当通过合法途径维护自身权益，包括要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
一、为何不建议主动办理离职申请？
避免陷入被动局面：主动提交离职申请可能被视为自愿离职，这可能导致您在后续维权过程中面临困难。根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者有权解除劳动合同并要求经济补偿。但若您已签署离职协议，可能丧失主张补偿金的法律依据。
保留追讨欠薪的权利：在劳动关系存续期间，您有权通过劳动监察投诉、劳动仲裁等途径要求公司补发工资及赔偿。例如，若公司拖欠您数月工资，您未提离职直接申请仲裁，可能获赔全额工资及相应的赔偿金。
二、正确应对步骤建议
固定证据链：
- 保存劳动合同、考勤记录、银行流水等证明劳动关系和欠薪事实的材料。
- 通过邮件或书面函件向公司催告支付，如：“截至X月X日，公司累计拖欠本人2024年X月至X月工资共计XX元，请于收到本函后5个工作日内支付。”
启动法律程序：
- 向当地人社局劳动监察大队投诉，处理周期约60日。
- 或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，时效为离职后1年内。以某地区为例，劳动仲裁结案率较高，审理周期相对较短。
同步考虑被迫解除劳动关系：
- 若公司已持续欠薪超过1个支付周期，您可依据《劳动合同法》第三十八条发送《被迫解除劳动关系通知书》，并主张N倍经济补偿金（N=工作年限）。此操作建议在律师指导下进行，以确保通知内容合法有效。
三、离职手续办理与工资结算
离职手续办理：在公司拖欠工资的情况下，您有权要求公司立即办理离职手续。若公司拖延办理，您可通过法律途径维护自身权益，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
工资结算：无论离职手续办理时间长短，您都有权要求公司一次性付清拖欠的工资。若公司拒绝支付，您可通过劳动仲裁、诉讼等法律途径追讨。在追讨过程中，请保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等。
四、风险提示与注意事项
- 谨慎签署任何文件：公司可能以“结清工资”为由诱导您签署放弃权利的协议，此类条款通常无效，但可能增加维权成本。
- 关注诉讼时效：劳动仲裁时效为知道权利被侵害之日起1年，逾期将丧失胜诉权。
- 集体行动优势：若涉及多名员工被拖欠工资，可联合申请仲裁，既能分摊维权成本，也能增强谈判筹码。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条：用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求经济补偿。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。