针对您提出的问题，关于员工在上班时间中毒晕倒，后检查出脑梗，而老板只负责中毒的医药费，脑梗费用由员工自己承担的情况，以下是我的详细解答：
首先，明确结论：
员工在上班时间中毒晕倒，并检查出脑梗，其医疗费用的承担需根据是否认定为工伤来确定。若脑梗与中毒有直接关联，且能证明是工作原因导致的，那么应认定为工伤，相关医疗费用应由工伤保险基金或公司承担。若脑梗并非由工作原因导致，那么其医疗费用则按基本医疗保险政策报销，不足部分由员工个人或公司根据实际情况协商承担。
接下来，详细分析：
工伤认定：
- 若员工能证明脑梗是由于工作原因（如中毒）直接导致的，且符合工伤认定的其他条件（如在工作时间和工作岗位上发生），那么应认定为工伤。
- 工伤认定需由公司或员工家属在规定时间内向统筹地区社会保险行政部门提出，并提交相关材料。
医疗费用承担：
- 若认定为工伤，且公司已为员工缴纳工伤保险，那么医疗费用由工伤保险基金支付。
- 若未认定为工伤，或公司未为员工缴纳工伤保险，那么医疗费用需按基本医疗保险政策报销，报销部分由医保基金支付，员工个人承担医保报销范围外的费用。若公司存在过错（如未提供必要的劳动保护），则公司也需承担相应的赔偿责任。
公司的责任：
- 无论是否认定为工伤，公司都应给予员工必要的关怀和协助，包括提供医疗支持、协助申请工伤认定或医保报销等。
- 若公司存在过错导致员工脑梗，公司需根据其过错程度承担相应的赔偿责任。
最后，给出建议：
- 员工及其家属应积极与公司沟通，了解工伤认定的相关流程，并准备必要的材料以申请工伤认定。
- 若公司拒绝承担相关费用或责任，员工可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 建议公司在日常管理中加强劳动保护，为员工提供安全、健康的工作环境，以预防类似事件的发生。
综上所述，员工在上班时间中毒晕倒并检查出脑梗，其医疗费用的承担需根据工伤认定结果来确定。公司应积极履行其关怀和协助员工的责任，确保员工能够得到及时有效的医疗救治和经济保障。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。