结论：没有挂靠协议的情况下，公司扣实际施工人的管理费及税15个点是否合法，需分情况讨论，若实际施工人与公司之间构成事实上的挂靠关系，且该扣费比例在合理范围内且符合双方约定或行业惯例，则可能合法；若不存在挂靠关系或扣费比例不合理、无约定或惯例支持，则可能不合法。以下为详细分析：
一、挂靠关系的认定
挂靠关系通常指的是没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义进行施工活动的行为。虽然双方没有签订书面的挂靠协议，但如果实际施工人以公司的名义进行施工，且公司对此明知并默许，双方之间可能构成事实上的挂靠关系。
二、管理费及税费的合法性分析
管理费：
- 若存在挂靠关系：管理费作为挂靠关系中的一种常见费用，其合法性取决于双方之间的约定以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。如果双方约定了管理费，且该费用在合理范围内，不违反法律法规，那么公司收取管理费可能是合法的。但需要注意的是，如果管理费过高，可能被视为不合理的剥削，从而引发法律纠纷。
- 若不存在挂靠关系：公司无权向实际施工人收取管理费，因为双方之间不存在挂靠关系，公司没有提供管理服务的法律依据。
税费：
- 税费承担：在建设工程中，税费通常是由施工方承担的。如果实际施工人以公司名义施工，那么公司作为名义上的施工方，有义务按照税法规定缴纳税费。然而，这并不意味着公司可以随意从实际施工人的工程款中扣除税费。税费的扣除应当基于双方之间的约定，且该约定应当符合税法规定。
- 扣费比例：关于税费的扣费比例，如果双方有约定，且该约定不违反税法规定，那么公司按照约定比例扣除税费可能是合法的。但如果没有约定或约定不明确，公司擅自扣除15个点的税费可能缺乏法律依据，可能构成不合法行为。
三、法律建议
- 审查双方关系：首先，需要审查实际施工人与公司之间是否存在事实上的挂靠关系。这可以通过审查施工过程中的相关文件、沟通记录、资金往来等证据来综合判断。
- 审查约定内容：如果双方存在挂靠关系，需要进一步审查双方之间的约定内容，特别是关于管理费和税费的扣除比例、支付方式等条款。如果约定不明确或存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。
- 咨询专业律师：由于建设工程领域的法律关系复杂且涉及金额较大，建议实际施工人在遇到此类问题时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助实际施工人维护自身合法权益。
四、可能的法律后果
- 如果公司扣费行为合法：那么实际施工人需要按照约定支付管理费和税费，否则可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 如果公司扣费行为不合法：那么实际施工人有权要求公司返还多扣的费用，并可能要求公司承担因此造成的损失。如果双方无法协商解决，实际施工人可以通过诉讼等法律途径维护自身权益。
在实际操作中，建议双方在签订合同时明确约定管理费和税费的扣除比例、支付方式等条款，以避免后续纠纷的发生。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供法律意见和解决方案。