结论：个税显示5000但实发3000是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 个税计算与扣除的合法性

• 个税计算基础：个人所得税的计算是基于应纳税所得额，即收入总额减去各项扣除（如基本减除费用、专项扣除、专项附加扣除等）后的金额。如果个税显示5000，这通常指的是应纳税所得额或税前收入（在未扣除任何费用前的金额），而非实际到手工资。
• 扣除项目合法性：用人单位在计算个税时，必须依法扣除各项费用。如果扣除的项目或金额不合法（如超标准扣除、违规扣除等），则可能导致个税计算不准确，进而影响实发工资。但仅凭个税显示金额与实发金额不一致，并不能直接判断扣除项目是否合法。

2. 实发工资与个税显示金额不一致的可能原因

• 社保、公积金等扣除：除了个税外，社保、公积金等也是从工资中扣除的项目。如果这些扣除项目较多或金额较大，可能导致实发工资显著低于个税显示金额。
• 其他扣除：如企业年金、补充医疗保险、职业年金等，也可能从工资中扣除，进一步影响实发工资。
• 工资结构复杂：如果工资结构包含多个部分（如基本工资、奖金、津贴等），且各部分计算方式不同，也可能导致个税显示金额与实发金额不一致。
• 错误或违规操作：当然，也不能排除用人单位在计算或发放工资时存在错误或违规操作的可能性。

3. 如何判断是否合法

• 核对工资条：首先，应仔细核对工资条上的各项扣除项目及金额，确保它们都是合法且合理的。
• 咨询用人单位：如果对工资条上的扣除项目或金额有疑问，可以向用人单位的人力资源部门或财务部门咨询，了解具体情况。
• 法律途径：如果怀疑用人单位存在违规操作（如超标准扣除、违规扣除等），可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

4. 法律建议

• 保留证据：在处理此类问题时，务必保留好工资条、劳动合同等相关证据，以便在需要时提供证明。
• 及时沟通：与用人单位保持及时沟通，了解工资计算及发放的具体情况，避免误解或纠纷的发生。
• 寻求专业帮助：如果问题复杂或涉及金额较大，建议寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

示例说明：假设某员工月税前收入为5000元，但扣除社保、公积金等费用后，实发工资为3000元。在这种情况下，如果扣除项目及金额均合法且合理，则个税显示5000但实发3000是合法的。反之，如果扣除项目或金额存在违法或不合理之处，则可能构成违规操作。

总结：个税显示5000但实发3000是否合法，需根据具体情况判断。建议仔细核对工资条、咨询用人单位，并在必要时寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。